1995-ben annak köszönhetően indulhatott el restaurálás, hogy az Antall-kormány százhúszmillió forintot adott kárpótlásul a rendnek budapesti Bernardinum épületéért. A feltárás során kiderült, az 1891-es felújítás egyben az eredeti freskók, szobrok, ornamentika átfestése is volt, és ennek eltávolítása után megtalálták a XVIII. századi, eredeti, színekkel festett műalkotásokat. A restaurálás kizárólag magyar művészek munkája volt.
Ma ennek a munkának köszönhetően csodálhatjuk a világos, életvidám, gyönyörű templomot – írja a bazilika ismertetője. A zirci ciszterci bazilika számos módon nyitotta meg kapuit, hogy a látogatók mind kulturális értékeit, mind a falai között zajló lelki, szellemi életet megismerjék. Hetente három alkalommal szentségimádást, rózsafüzér imádságot, a családokért felajánlott engesztelő imaórát tartanak. A bazilika neves orgonaművészek koncertjeit kínálja. Nyaranta, májustól szeptemberig, a hónap utolsó vasárnapján tartják hangversenyeiket. Az épületben kapott helyet a Bakonyi Természettudományi Múzeum, hazánk első és mindmáig egyetlen vidéken alapított természetrajzi szakmúzeuma – 1972-es létesítése óta kutatja a több mint 4000 négyzetkilométer kiterjedésű Bakony-hegység természeti értékeit. Kutatórészlegei négy szakterületet fognak át: geológia, botanika, gerinctelen és gerinces zoológia. A geológiai gyűjtemény elsősorban őslénytani anyagból áll, kisebb arányú a kőzettani anyag és a hegység jellegéből adódóan viszonylag kevés az ásvány. A botanikai gyűjtemény alga-, gomba-, zuzmó- és moharészlege az 1960-as évektől gyarapodik. Virágos herbáriumának alapját Tallós Pál botanikus és Szalai Miklós, a híres halimbai „füves pap” gyűjteménye képezi. Itt őrzik a magyarországi ciszter rend történeti értékű herbáriumát is. A múzeum gerinctelen gyűjteményének leggazdagabb egysége a bogárgyűjtemény, de igen jelentős a Diptera (kétszárnyú) anyag is. A gerinces gyűjtemény madár- és emlőspreparátumokat őriz.
A múzeum jelentős tudományos értékkel bíró szakkönyv- és folyóiratanyaggal rendelkezik, mely az érdeklődők rendelkezésére is áll. Saját kiadványai révén (Folia Historico-naturalis Bakonyiensis; A Bakony természettudományi kutatásának eredményei) számos hazai és külföldi cserepartner publikációja jut el az intézménybe. A Bakony természeti képe című sorozat füzetei (A Bakony halai; Madarak a Bakonyban; A Bakony rovarvilága; Gombák a Bakonyban) és az Ezerarcú Bakony című CD a színvonalas ismeretterjesztés eszközeként a nagyközönség tájékoztatásául szolgál. Állandó kiállításai közül a Bakony természeti képét bemutató tárlat a zirci ciszterci apátság barokk épületének első emeletén található.
