A papszentelés ünnep az egyház – és természetesen a szentelő püspök számára is. Meszlényi Zoltán első alkalommal 1939. február 26-án szolgáltatta ki ezt a szentséget az esztergomi bazilikában a következő tizenegy diakónusnak: Berkesi Mátyás, Békés Antal, Böhm József, Dombi Ferenc, Dörnyei Vilmos, Gianits József, Kis László, Kiszner József, Kovács István, Nagy Miklós, Szabó Lajos. Később – már jócskán benne a második világháborúban – 1943. január 17-én Csepregi/Cserpán Ignácot szentelte pappá. 1945. január 1-jén az ostromlott Esztergomban, a szeminárium pincéjében szentelte fel Halmosi Béla, Komáromy Gyula, Mészáros Gyula, Sudár János, Weiss János teológusokat.
Ugyanezen évben meghalt Serédi Jusztinián, és még nem foglalta el érseki székét Mindszenty József, ezért júniusban a következő bencés kispapokat szentelte fel Kelemen Krizosztom pannonhalmi főapát kérésére: Szentjakabi Lázár, Blazovich Ágoston, Bors Ádám, Tóth Aldemar, Gombos Caesar, Szigeti Rajnal és Iróffy Hypatius bencést.
Ugyanebben a hónapban Drahos János esztergomi káptalani helynök kéri a püspököt, hogy Deák József, Killinger Hugó, Polyák József és Szitás Béla esztergomi V. éves növendékeket szerpappá, majd áldozópappá szentelje. Áldozópapi szentelésük július 8-án történt – a súlyos belövéseket kapott bazilika helyett a belvárosi templomban. Néhány mondat ekkor elmondott beszédéből:
„Az utolsó papszentelést, amikor ezeknek a mai papoknak osztálytársait szenteltem, a szeminárium pincéjében tartottam. Hogy miért, fölösleges magyaráznom. Esztergom szomorú napjaiban történt, amikor az ostrom idején a szertartások alatt szinte a fejünk felett váltották egymást az ellenséges hadseregek. Ma pedig ide jöttem. Hogy miért, ezt sem szükséges bővebben magyarázni. Esztergom, sőt az egész nemzet büszkesége, a mi bazilikánk használhatatlan állapotban van… S most, mikor a szertartást befejeztük, s a Szentlélek erejével új papokat szentelünk, milyen biztatással bocsássuk őket az élet útjára innen, az Úr oltára elől, ahol térdre borultak és fogadták a Szentlelket közvetítő kézfeltételt? Az én nevelőim soha nem biztattak azzal, hogy a papi rend felvétele után kényelmes, veszélytelen élet vár rám, ellenkezőleg, számtalanszor figyelmeztettek atyai szavakkal, hogy az élet, különösképpen a pap élete katonáskodás a földön, hogy a lelkipásztorkodás örökös küzdelem saját gyarlóságunkkal… hogy a világ az ő démoni erőivel mindig ellentétes beállítottságú az Egyházzal szemben…
S mikor a múlt év őszén Istenben boldogult főpásztorunk tisztán látva népünk tragikus sorsát, kiadta papjainak a parancsot, hogy mindenki küldetéséhez híven maradjon meg a gondjaira bízott hívek között, s amikor figyelmeztetett a nála szokásos egyszerű, keresetlen szavakkal, hogy a papoknak a legnagyobb megpróbáltatások idején teljesíteni kell kötelességeiket még vértanúság árán is: a mártírium gondolata nem döbbentett meg, nem csodálkoztam, természetesnek tűntek fel az Üdvözítő szavai: eljön az óra, hogy mindaz, aki megöl titeket, szolgálatot vél tenni Istennek.”1947. június 22-én Budapesten szentelte pappá Christ György, Gyimóthy Károly és Győrszegi László esztergomi teológusokat.
1948. december 26-án, karácsony másnapján Mindszenty József bíboros hercegprímást letartóztatták. Az esztergomi érsek akadályoztatása miatt a helynök, Drahos János vezeti a főegyházmegye ügyeit. Vészterhes idők voltak ezek. De a növendékek tanultak, vizsgáztak, készültek a hivatásukra. És megünnepelték, amikor a szentelés révén 1949 júniusában életük új szakaszához érkeztek. Ekkor még a régi szemináriumban tanultak a növendékek, azt nem tudhatták, hogy néhány év múlva magától az épülettől is meg kell válni, az állami rendelkezés miatt. Ezen természetesen minden szeminarista részt vett. Búcsúbeszédet mondott Csornay Boldizsár negyedéves, a szentelendők nevében válaszolt Rédei József. Ezután Mécs László Tilinkó című költeményét szavalta Parádi Gyula elsőéves növendék. Végül Brückner József rektor beszéde következett. Ezután a kápolnában Te Deumot énekeltek és szentségi áldásban részesültek. Másnap, június 19-én Meszlényi püspök szentelte fel az esztergomi bazilikában áldozópappá Árva József, Berkes György, Major Sándor, Németh József, Rédei József, Szentgyörgyvölgyi Zoltán, Urbanics Ferenc teológusokat.
A szaléziek közül is többen Meszlényi püspöktől kapták a szent rendeket. Edelényi István kéri, hogy a szalézi Hittudományi Főiskolán Péliföldszentkereszten lévő növendékeket idő előtt szentelje diakónussá, majd áldozópappá, mivel jövőre külföldre mennek, és tanulmányukat ott fejezik be, de rendi elöljárók odakint nem vállalhatják a szentelés felelősségét. Így kéri 1949 márciusában Bősze György, Felföldi István, Zsédely Gyula szentelését.
Drahos János érseki helynök 1950 tavaszán megbízza a püspököt, hogy az Esztergomi Papnevelő Intézet növendékei közül Csornay Boldizsár, Gyüre István, Zimonyi István a szerpapokat a szerpapi rendben, Kovács Tibort előzőleg a tonzúrában, a szentelés napján a kisebb papi rendekben részesítse. Erre 1950. június 18-án került sor, amikor utolsó alkalommal szentelt papokat Meszlényi püspök.
A papság híven követte főpásztora, Serédi Jusztinián bíboros felhívását, és minden pap a helyén maradt. Ekkor még nem tudták, hogy üldöztetésben lesz részük, egyesek elnyerik a vértanúság dicsőségét, másokat letartóztatnak.
