Lengyel grófi családból származott, Beyzymyben született 1850 tavaszán. Édesapját 1863-ban a januári felkelésben való részvételéért halálra ítélték. Ezután édesanyjával Kijevbe költöztek, Jan itt fejezte be a középiskolát. 1872-ben a galíciai Stara Wielben belépett a jezsuita noviciátusba. 1881-ben szentelték pappá Krakkóban.
Tizenhét évig a fiatalok nevelésének szentelte magát a tarnopoli, majd a chyrówi jezsuita kollégiumban. Közben meghívást kapott Istentől egy másfajta misszióra, ezért 1898-ban, negyvennyolc éves korában Madagasz kárra utazott, hogy a leprások között szolgáljon. Ambahivoraka lepratelepén, a sivatagban szörnyű körülmények között, teljesen elhagyatva éltek a betegek, mintegy százötvenen. Sokan nem is a betegség miatt hunytak el, hanem éhen haltak. Jan atya két hét elteltével levelet írt tartományfőnökének, Rodolphe de Scorraille-nak, amelyben segítséget kért. Ő maga pedig meghozta döntését, hogy végleg ezeknek az embereknek szenteli az életét. Oda költözött a telepre, s mindennap megerősítette a leprás betegeket abban, hogy ők is szerethetők, és érdemesek arra, hogy megmentsék őket.