Részt vett ekkoriban a pesti Josephinum fiúárvaház bizottságában és az intézet alapszabályának kidolgozásában is. Alapítványi pénzből ő biztosította a harangra valót a ház kápolnájához, amelyet évekkel később felszentelt, s adományaival, feszülettel és imakönyvekkel támogatott. Az árvaházi bizottság hazafias viselkedésére jellemző, hogy a forradalmi év májusától magyar nyelven kezdték vezetni a bizottság jegyzőkönyveit. 1849 szeptemberétől, a szabadságharc leverését követően azonban kénytelenek voltak újra német nyelven írni.
A császári önkény a németesítésen túl jóval tragikusabb bosszút is tartogatott a nemzetnek. 1849. október 5-én kihirdették gróf Batthyány Lajos halálos ítéletét. Aznap délután Bártfayné, Károlyi gróf titoknokának felesége kereste fel Szántóffyt, és Batthyány grófné nevében arra kérte, ahogyan a plébános visszaemlékezésében írta, „vigasztalnám s látnám el a végfutásra szükséges szentségekkel a szerencsétlen elítéltet”. A plébános a grófnéhoz sietett, „kit legkínosabb lelki küzdelmei és fájdalmai között, de egyúttal bámulatos rezignációban” talált. Megtudta, hogy senkit nem eresztenek be a cellába. Vigasztalta az asszonyt, felajánlotta, hogy beviszi egy levélkéjét is. Ebben Batthyányné arra intette férjét, ne használja még azt a tőrt, amit ő csempészett be hozzá, hátha kegyelmet nyer. Hiába sikerült azonban bejutnia a börtönbe. „Én ugyan a grófhoz fordultam, ki kezét nyújtotta, de mivel szemközt a velem jött börtönfelügyelő foglalt helyet, az ablaknál pedig a fegyveres őrkatona állott, vele bizalmas szót nem válthattam és egyedül csak a grófné üdvözletét nyilváníthattam, egyházi szolgálatomra pedig már szüksége nem volt, azért mert ebben engem gróf Károlyi francia abbéja már megelőzött volt.” Szántóffy a levelet sem tudta átadni, s bár valóban bízott a kegyelemben, másnap kivégezték a volt miniszterelnököt. A szörnyű esemény után néhány órával a holttestet titokban a Rókus kórház halottasházába szállították a császári hatóságok, azzal a paranccsal, hogy éjszaka jeltelen, közös sírba kell elföldelni. Szántóffy ebbe nem nyugodott bele. Késő este felkereste Dank Agáp ferencest, és arról tárgyaltak, hogyan lehetne megmenteni a holttestet ettől az utolsó megaláztatástól. Szántóffy kieszelt egy tervet, amely veszélyes volt, mégis az egyetlen megoldásnak látszott. A kórház igazgatójától saját felelősségre elkérte a holttestet, hogy a Kerepesi úti temetőbe vigye. Éjjel harmadmagával kísérte a halottas szekeret a temetőbe. Az őrök a vámháznál átvizsgálták a koporsót és átengedték.
Szántóffy a temetőben eljátszotta, olyan kicsinek találja a sírgödröt, hogy abba lehetetlenség temetkezni. Ezért visszafordult a parasztszekér Batthyány holttestével, mögötte pedig Szántóffy két kísérőjével egy bérkocsin. Az álmos őrök visszafelé már nem ellenőrizték az üresnek vélt koporsót. A plébános a ferencesek rendházához hajtatott, ahol Dank Agáp már várta őket. A holttestet levitték a kriptába, egy G. B. L. feliratú sírfülkébe helyezték és beszentelték. Az elhunyt adatait később a Rókuskápolna halotti anyakönyvébe írta bele, s egy titkos temetési oklevelet állított ki a ferences atyával. Tehát Szántóffy Antal plébánosnak köszönhető, hogy évtizedekkel később Batthyány grófnak méltó temetést, majd sírhelyet állíthatott a nemzeti kegyelet. Hazafias tettéről senkinek sem beszélt, mégis kitudódott, s névtelen fenyegető leveleket kapott ő és a ferences Dank Agáp is. De hivatalos vizsgálat nem indult, és úgy tűnik, hogy egyházi pályafutását sem befolyásolta bátor cselekedete. Sőt valószínűleg Scitovszky János hercegprímás kedvelte a nem hivalkodó, de hazafias papot. 1850-ben a Lipótvárosba helyezték, majd budavári plébános lett, eközben somlyóvásárhelyi címzetes prépost és pápai titkos kamarás címeket kapott, a Lipót-rend kiskeresztjével tüntették ki. Az ötvenes-hatvanas években pedig rendszeresen miséztek a ferencesek templomában „Magyar Lajos” lelki üdvéért.
1850 júliusában egy hivatásából következő, mégis különleges feladat várta. Arra kérte egy pár, hogy eskesse meg. Szántóffy elfogadta a leendő ara özvegységének fájdalmas bizonyítékait és új házasságának indokait. Csakhogy rövidesen kérdőre vonták a plébánost a császári hatóságok: honnan tudta, hogy Petőfi valóban halott? Az ifjú asszonyt ugyanis Szendrey Júliának hívták, és Horvát Árpáddal való házasságához kért engedélyt Szántóffytól.
1855-ben meghalt Vörösmarty Mihály, temetésén húszezres tömeg búcsúzott a költőtől. A szabadságharc leverése óta ez volt az első tömegmegmozdulás, több volt, mint átlagos búcsúszertartás. Az osztrák önkényuralom elleni hatalmas összefogás bontakozott ki a gyászolók soraiban. Báró Eötvös József írta ekkor Gyulai Pálnak egyik levelében a nemzetről: „A részvét, melyet Vörösmarty sírjánál mutatott és mutat árvái iránt, lelkemben több reményt támasztott ismét, mint egy idő óta éreztem.” A költőt Szántóffy temette el.
Szervezőtehetsége nemcsak a józsefvárosi árvákkal kapcsolatban mutatkozott meg. Ő volt az, aki Scitovszky hercegprímás támogatásával létrehozta hazánkban az első Katolikus Legényegyletet. Az iparos és a kézműves ifjúság számára Adolph Kolping kezdeményezésére ekkoriban Európa-szerte közösségek jöttek létre. Szántóffy bérbe vette a Valero-házat a Király utcában, és átépíttette. Toborozni kezdte a műhelyekben az iparoslegényeket, és kiadta az egylet alapszabályait. 1856-ban sikeres munkáját maga az alapító, Kolping is megtekintette, s negyven legénnyel, Szántóffy vezetésével megalapítottnak nyilvánította az egyesületet, mely a 134. volt Európában. Scitovszky rövidesen megáldotta a legényegylet zászlaját, melynek ekkor már százötvenöt tag örülhetett.
A Kerepesi úti temetőkápolna építésének megszervezése is Szántóffy nevéhez fűződik, aki Zofahl Lőrinccel terveztette meg az épületet, amelyet 1857-ben szentelt fel a hercegprímás.
Szántóffy Antal választmányi tagja volt a Kertészeti Társulatnak, melyben sok neves közéleti férfiú is részt vállalt.
1861-ben az országgyűlés összehívása reménnyel és izgalommal töltötte el a hazafiakat, Szántóffy ismét Pest város bizottsági tagja lett. Ugyanezen évtől esztergomi kanonokként, majd plébánosként és a központi papnevelő kormányzójaként tevékenykedett.
1865-ben alakult meg az Esztergomi Dal- és Zenekedvelők Egyesülete Szántóffy elnöklete alatt. Az egyesület a város zenei életét gazdagította, neves polgárok, városi tisztviselők voltak a választmányának tagjai, a tiszteletbeli tagok között pedig ott volt Liszt Ferenc és Erkel Ferenc is. A dalárda, melynek vezetését 1870-es nógrádi esperessé való kinevezéséig látta el, azért is vált fontossá az utókor számára, mert ennek levéltári dokumentumai között maradt fenn visszaemlékezése az első felelős magyar kormány miniszterelnökének eltemetéséről.
Szántóffy Antalt 1874-ben Szent Tamás-hegyi préposttá nevezték ki. Hat évvel később hunyt el, gyásztávirata szerint szívszélhűdésben. Sírja az esztergomi bazilika altemplomában van, kiérdemelten magas és neves magyar egyházi méltóságok között nyugszik.
