Az 1633-tól 1642-ig házi őrizetben élő tudós „jó katolikus” volt, az egyház tekintélyét „kérdés nélkül elfogadta”. Galilei ellen azért indult egyházi per, mert könyve kiadásánál nem teljesítette az inkvizíciós hatóság (Szent Officium) előírását, mely úgy szólt, hogy a Naprendszer leírását hipotézisnek (tudományos feltételezésnek) kell bemutatni, nem pedig egzakt leírásként. Az inkvizíciónak ebben a modern tudomány mértéke szerint is igaza volt.
Brandmüller professzor arra is rámutat, hogy a Galilei-per igazából nem akkor zárult le vatikáni részről, amikor a per teljes anyagát – történetkritikai módszerrel feldolgozva – kiadták, hanem már 1822-ben, amikor VII. Piusz pápa engedélyezte egy új csillagászati tankönyv kiadását az egyházi államban.
A professzor cáfolja azt a sajnálatosan elterjedt állítást, hogy Galileit eretnekség miatt kiközösítették az egyházból, mivel haláláig gyónt és áldozott.
