Csakhamar azonban úgy érezte, hogy Isten ellenállhatatlan erővel egy másfajta életre hívja. Kilépett a rendből. Három évet a kontinensen időzött, majd visszatért a családjához Londonba. A következő hónapokat világi apostolkodással töltötte. Haldoklókat és betegeket látogatott, gyermekeket oktatott a hitigazságokra, segítette a szegényeket. Kis idő elteltével munkatársakra is lelt. Mária 1609-ben Franciaországban, Saint-Omerben alapította meg első iskoláját az oda menekült katolikus családok gyermekei számára. Az angolkisasszonyok, vagyis az Institutum Beatae Mariae Virginis, a Boldogságos Szűz Mária Intézete (ma Congregatio Jesu) nővérek az oktatás mellett, főleg járványos időkben, a betegek ápolását is vállalták.
Hivatásuk új szerzetesi életformát igényelt, amelyre Mária a jezsuitáknál talált mintát. Elhatározta, hogy olyan női rendet alapít, amelynek elöljárója közvetlenül a pápának alárendelt, tagjait pedig nem kötelezi klauzúra. A „vegyes életmód”, a kolostori élet összekapcsolása „a felebaráti szeretetnek a kolostoron belül el nem végezhető gyakorlataival” akkor teljesen rendhagyó volt a női közösségekben. Tervét az angliai papság és Róma is ellenállással fogadta. Máriától azt kívánták, hogy közösségével csatlakozzék valamelyik meglévő női rendhez, és jóváhagyott regula szerint éljen. Mária azonban tovább dolgozott, és a közösség egyre növekedett. Visszatért Angliába, és megalapította első londoni házát.
Tevékenysége nem sokáig maradt rejtve. Fejére vérdíjat tűztek ki. Ettől kezdve életének nagy részét a kontinensen töltötte; egyre újabb házakat alapított, és az egyházi jóváhagyásért fáradozott. Rómába utazott, hogy ügyét maga tárja a pápa és a bíborosok elé. VIII. Orbán pápa 1631-ben mégis feloszlatta a közösséget. Máriát mint eretneket egy müncheni klarissza kolostorban őrizték. Mire három hónap múlva elengedték, addigra a rend darabokban hevert, házait feloszlatták. Mária azonban töretlen erővel indult újra Rómába. A pápa 1632-ben végül megengedte, hogy néhány társnőjével együtt az ő különleges felügyelete alatt megnyisson egy házat, és lányok nevelésével foglalkozzék.
Alapításának jóváhagyását nem érte meg. XI. Kelemen 1703-ban megerősítette a rend szabályzatát, 1749-ben XIV. Benedek pápa azonban megtiltotta, hogy Máriát rendalapítóként tiszteljék. Ezt a tilalmat csak 1908-ban oldotta fel X. Piusz, holott maga a rend már 1877-ben elnyerte a végleges jóváhagyást.
