A tétel végleges megerősítésekor, az MSZMP 1962-es, VIII. kongresszusa idején már létrejött a III/III. csoportfőnökség, amelynek kiemelt feladata volt az egyházak megfigyelése és manipulálása.
Hosszú út vezetett e „szövetségi politikához”, mely a társadalom döntő része, így az egyházak számára is kiegyezést kínált. A pártállam hatalmának megszilárdításához nélkülözhetetlen volt a titkosszolgálatok közreműködése. A Belügyminisztérium keretében tevékenykedő egykori ÁVH-sok az 1956-os megtorlás ügyei és megfélemlítő akciók mellett 1957 és 1963 között a manipuláció új technikáit sajátították el.
Az elmúlt években a kommunista diktatúráról szóló közbeszéd főszereplői – különösen egyházi vonatkozásban – a hálózati személyek (megbélyegző tartalommal: „ügynökök”, „besúgók”) lettek. Szerepük fontossága nem tagadható, azonban mára az elnyomó rendszer egésze, irányítóival (a megrendelőkkel és a végrehajtókkal) együtt megismerhető. Az állambiztonság egyházi elhárítással foglalkozó részlegét (BM II/5-c alosztály) például 1956 után Berényi István vezette őrnagyi rangban. Az 1947-től az Államvédelmi Osztály (ÁVO) munkatársaként dolgozó, 1953-tól belső elhárítással foglalkozó tiszt a hatvanas évektől a Vatikán elleni akciók egyik irányítója, majd karrierje végén (1981–1985) a magyar hírszerzőképzés parancsnoka lett.
1957 tavaszán a budapesti központban és a megyei kirendeltségeken az ő irányításával munkába álló néhány tucat állambiztonsági operatív (tartó)tiszt feladata lett a korábbi titkosszolgálati pozíciók, így az ügynöki hálózat újjászervezése. Szerepüket felértékelte az Állami Egyházügyi Hivatal (ÁEH) dezorganizálódása és lefokozása (a Művelődésügyi Minisztériumba olvasztása). Az állambiztonság – az állományában és a módszereiben megfigyelhető folytonosság révén – a kiépülő pártállami hatalom legfontosabb támasza lett. Igaz, a „klerikális reakciót” elhárító alosztály munkatársainak energiáját (a többi részleghez hasonlóan) kezdetben a forradalom napjaiban szabadulók begyűjtése, a kompromittáló anyagok rendezése, az operatív pozíciók visszaszerzése (például lehallgató készülékek ismételt üzembe helyezése) kötötte le. Közben azonban már megkezdődött az a rendszerezett információgyűjtés, amelynek révén a Belügyminisztérium az egyházakról is mind pontosabb jelentéseket készített az MSZMP vezetése számára. 1958 nyarán például hetvenhárom olyan egyházi kinevezésre került sor, amelyet különösen veszélyesnek ítélt az állambiztonság. Így a következő években kiemelt feladattá vált az ellenségesnek minősülő egyházi vezetők eltávolítása, leváltása – a szakzsargon szerint: „kiszorítása” – a fontos pozíciókból. A „vallásos tömegek” megosztására, manipulálására megkezdett akciókkal egy időben az állambiztonság megkezdte az „utánpótlás”, a szemináriumok hallgatóinak, valamint az aktív közösségi életet élő ifjúsági csoportoknak a bomlasztását is.
A titkosszolgálati munkának az MSZMP direktívái 1958 nyarán szabtak új irányt. A pártközpontban a különálló intézkedések ekkor álltak össze viszonylag koherens rendszerré. Az ekkor megfogalmazott elvek az egész korszakban meghatározók maradtak. A „kádári” hatalomgyakorlás alapvető tétele szerint az egyházak hosszabb távú fennmaradásával számoltak. A társadalmi feszültségek csökkentése érdekében ekkortól kifejezetten tartózkodtak a közvetlenül egyházellenes lépésektől és nyilatkozatoktól. Más szocialista országok tapasztalatainak felhasználásával többszintű stratégia alapjait fektették le. Elkülönítették az ellenségnek tekintett személyek („klerikális reakció”), az egyházak egészének és a vallásosságnak a kezelését. Az állambiztonság elsősorban az első feladatcsoporttal foglalkozott, amelyben kádári megnyilatkozások is motiválhatták őket: „Mi a klerikalizmus ellen tűzzel, vassal, golyószóróval és börtönnel is harcolunk, mert nálunk nem klerikális, tehát papi, hanem munkás–paraszt uralom van.” Ugyanakkor a pártvezető figyelmeztetett arra is: „Lehet, hogy a klerikalizmus ellen harcolni kell még 5 évig, de a vallásos világnézet ellen még 2 generáción át.” Így az állambiztonság (a pártállam egyéb intézményeivel kialakított kapcsolatai révén) mind hatékonyabban kapcsolódott be az antiklerikális kampányokba is. Ez a hittanbeíratások csökkentéséért indított akciók során éppúgy megmutatkozott, mint az 1958-as választási kampányok idején, vagy az új típusú, az egyházi szertartásokat helyettesítő „társadalmi ünnepek” bevezetéséért vívott küzdelemben.
A belső elhárítás vezetője, Hollós Ervin a párthatározatok megjelenésekor még a következőket fogalmazta meg: „Mi tudjuk azt, hogy amit a püspök mond (…) rendkívül fontos, de nagyon nagy hiba, hogy már nem ismerjük azt a plébánost vagy azt a szerzetest, aki tudatos ellenséges tevékenységet fejt ki, és akinél a mi feladatunk lenne azt leleplezni és megfelelő javaslatot tenni, őt felelősségre vonni.” Ekkor már zajlott az a katolikus (és ezzel párhuzamosan a protestáns) egyházi ifjúsági csoportok elleni nyomozás, amely a „Fekete Hollók” fedőnevet kapta. Az ennek során összehordott nagy mennyiségű adat idővel még a szervek munkáját is megbénította. Az ÁVH-s előzménye felhasználásával kialakított új ellenségkép jegyében végül 1960-ban és 1961-ben sor került az egyháziakat érintő utolsó nagyobb letartóztatási hullámra. A megfigyelések, a bizalmi kapcsolatok megtörése és az „államellenes” ügyek kreálása során szerzett tapasztalatokat Berényi őrnagy foglalta össze. A III/III-as csoportfőnökség létrejötte idején, 1963-ban kiadott tankönyve hosszú időre rögzítette az egyházak elleni titkosszolgálati munka elveit és módszereit.