1981-ben jelent meg a középkori magyar forrásokat tanulmány és katalógus formájában bemutató könyve, A magyar középkor hangjegyes forrásai, 1984-ben a magyar notációt tárgyaló monográfiája, a Középkori hangjegyírások Magyarországon. Szendrei Janka írta meg a Magyarország Zenetörténete összefoglaló munka középkorról szóló kötetében a forrásokról, a hangjegyírásról, a recitatív műfajokról, a trópusokról szóló fejezeteket, továbbá az ő munkája volt a középkori népzenei hagyatékról szóló fejezet nagyobb része.
Paleográfiai kutatásait kiterjesztette a közép- majd nyugat-európai notációkra is, különös figyelemmel a vonalrendszer bevezetésének korára. Dallamtörténeti kutatásait folytatva részt vett a XVI- XVII. századi lejegyzett magyar dallamok népzenei referenciáit összegyűjtő és értelmező monográfia megalkotásában, a gregorián dallamgyűjtemény fejlesztésében és tudományos feldolgozásában. Több középkori kódex tanulmánnyal kísért kiadását gondozta. A gregorián kutatásra létrejött Cantus planus nemzetközi munkacsoport egyik alapítója.
A díjazott a 1970-es évek óta oktat a Zeneakadémián, 1997 óta habilitált egyetemi tanár. 2000 óta tanszékvezető. Dobszay Lászlóval a gregorián előadására létesült Schola Hungarica alapítója, és az együttes mintegy ötven hanglemezének társkarmestere.