Apostoli útja első napját Berlinben tölti. A szeptember 22-én fél tizenegykor érkező pápát Rainer Maria Woelki, új berlini érsek fogadja a repülőtéren. A Bellevue-kastélyban Christian Wulff államelnök köszönti. Ezután Angela Merkel szövetségi kancellárral találkozik. Délután beszédet mond a parlamentben, melynek során időszerű világpolitikai kérdésekkel is foglalkozik majd. A képviselők többsége örömmel fogadja, csak a volt NDK kommunista pártjának utódpártjához tartozó hetvenhat képviselői hely egy része marad üresen, és az SPD laicista csoportja hirdetett bojkottot. XVI. Benedek délután a zsidó közösség képviselőivel találkozik, majd az Olympia-stadionban szentmisét mutat be, amelyen a katolikus Wulff államelnök és az evangélikus Merkel kancellár is részt vesz.
Szeptember 23-án, mielőtt Türingiába repülne a szentatya, ahol két napot tölt, még Berlinben fogadja az iszlám helyi képviselőit. A tartomány fővárosa Erfurt, mely mintegy kétszázezer lakosával a legkisebb, de az egyik legszebb tartományi székhely. Türingiában, mint annak idején az NDK-ban a keresztények és különösen a katolikusok kisebbségben voltak. Az Erfurti egyházmegyében százötvennégyezer katolikus él, közülük nyolcvanháromezer Eichsfeldben. Gyönyörű gótikus Mária-székesegyházát is felkeresi a pápa. Erfurtban, Luther Márton egykori ágostonos kolostorában a német evangélikus egyház vezetőivel találkozik. Ezt ökumenikus istentisztelet követi. A szentatya személyes kívánságára bővítették az ökumenikus programot. A pápa háromnegyed hatkor az etzelsbachi kegykápolnánál máriás vecsernyét vezet.
Szeptember 24-én délelőtt az erfurti dómtéren mutat be a pápa szentmisét. Erre már régen elkelt minden belépő, sőt, a városi stadionba is alig van már hely, ahol figyelemmel kísérhetik a szertartást. Ez azért fontos, mert ismeretes, hogy az egykori NDK lakosságának hatvan százaléka nem volt megkeresztelve 1990-ben. Joachim Wanke erfurti püspök szerint közülük sokan ma keresztényibb módon élnek, mint az egyház sok más tagja. A kiváló püspök szerint a keleti tartományok német lakossága számára az „évezred eseménye” ez a látogatás, mely „világegyházi távlatot” ad életüknek.
Délben a pápa Baden-Württemberg tartományba repül. Freiburgban felkeresi Robert Zollitsch érseknek, a német püspöki konferencia elnökének a székesegyházát. Délután saját kívánságára találkozik Helmut Kohl volt szövetségi kancellárral, akinek nagy érdemei vannak a német egység és az európai együttműködés terén, majd Németország görögkeleti metropolitájával, Augousztinosz Labardakisszal találkozik. Este fiatalok imatalálkozóján vesz részt.
Látogatása utolsó napján százezer ember részvételével a freiburgi repülőtéren következik a csúcspontnak nevezhető ünnepélyes szentmise. A nap további részében a német püspökökkel folytat megbeszélést egyházi reformokat érintő párbeszéd-kezdeményezésükről. Valószínűleg „munkaebédjük” is erről szól majd. Az alkotmánybírákkal való találkozás után még egy fontos esemény zárja a napot: az egyházban és a társadalomban elkötelezett katolikusokhoz készül fontos beszédet intézni a pápa, aki azután háromnegyed hétkor indul Róma felé Lahr repülőteréről. A hivatalos programban nem szerepel, de lehetséges egy nem nyilvános találkozó a szexuális visszaélések áldozatainak képviselőivel, amint ez más utak alkalmával is történt.
Németországban a szentatya nemcsak az őt lelkesen köszöntő tömegekkel és esetleg elidegenedett csoportokkal fog találkozni, hanem pedofil botrányoktól megviselt, de megújulni akaró, nem lázadó, hanem párbeszédre kész egyházi közösséggel is. Július 8–9-én Mannheimben széles körű megbeszélést tartottak Zollitsch érsek és több főpásztor részvételével az egyházi reformtörekvéseket érintő dialóguskezdeményezésről. Erről a főpásztorok személyesen tájékoztatták a pápát, aki nem ellenezte a párbeszédet.
