A december elején elhunyt II. Alekszij (1990-2008) utódát az orosz ortodox püspökök, papok, szerzetesek és világi hívők hétszáz főnyi országos zsinata választotta meg három jelölt közül. A 702 leadott szavazatból Kirill 508, Kliment metropolita pedig 169 szavazatot kapott. Filaret minszki metropolita, a harmadik jelölt közvetlenül a szavazás előtt visszalépett, és szavazóit arra kérte, voksoljanak Kirill metropolitára. Az orosz ortodox egyház új vezetőjét február elsején iktatták be a moszkvai Megváltó-székesegyházban. Az ünnepélyes liturgián a Szentszék képviseletében Walter Kasper bíboros, a keresztények egységét előmozdító pápai tanács vezetője vett részt.
A hatvankét éves Kirill (Gungyajev) metropolita, a moszkvai patriarchátus külügyi hivatalát vezette az elmúlt években, és Alekszij halála után őt választották a patriarchátus ideiglenes vezetőjévé. 1946. november 20-án Szentpétervárott (az akkori Leningrádban) született. Teológiai tanulmányait kitüntetéssel végezte. 1969-ben tett szerzetesi fogadalmat. 1970-ben Nyikodim leningrádi metropolita titkára lett. Nyikodim, aki I. János Pál pápa karjaiban hunyt el szívinfarktus következtében, a katolikus- ortodox kapcsolatok teológusa és egyházpolitikusa volt.
Doktori disszertációját XXIII. János pápáról írta. Kirill 1971-től 1974-ig a patriarchátus képviselőjeként dolgozott Genfben, az Egyházak Világtanácsánál. Gorbacsov idején az új vallásügyi törvény egyik megalkotója volt. 1988-ban érsek, 1991-ben metropolita lett. 1989-től vezette a külügyi hivatalt. A katolikus egyházzal való kapcsolatokat támogatta. XVI. Benedek pápa táviratban köszöntötte az új pátriárkát. „Vezesse egyházát a spirituális növekedés és egység útján! A Szentatya azért imádkozik az Úrhoz, hogy halmozza el bölcsességével Kirill pátriárkát, s hogy a pátriárka tartson ki a szolgálatára bízott hívek szeretetteljes szolgálatában, támogassa őket az evangéliumhoz és az orosz ortodoxia nagy hagyományaihoz való hűségben.
A mindenható Isten áldja meg erőfeszítéseit, amelyek az ortodox egyházak egységének megőrzésére irányulnak. Keresse a teljes szeretetközösséget, amely a katolikus-ortodox együttműködés és párbeszéd célja.” Benedek pápa lelki közelségéről biztosítja a pátriárkát, továbbá ismételten leszögezi, hogy a katolikus egyház elkötelezte magát az orosz ortodox egyházzal való együttműködésben. Ennek célja, hogy egyre világosabb tanúságot tegyenek a keresztény üzenet igazságáról és azokról az értékekről, amelyek nélkül a mai világ nem haladhat előre a béke és az igazságosság útján, nem fordulhat szerető gondoskodással a kitaszítottak felé. Benedek pápa testvéri szeretettel kéri a pátriárka számára a Szentlélek ajándékait: bölcsességet, erőt és békét.
Erdő Péter bíboros prímás, az Európai Püspöki Konferenciák Tanácsának elnöke a következő táviratot küldte Kirill pátriárkának: „Szentséges Atya! Örömmel értesültünk Moszkva és egész Oroszország pátriárkájává történt megválasztásáról. Az új apostoli szolgálatban kívánjuk, hogy Isten kegyelme világosítsa meg és támogassa munkáját a keresztény értékek minél szélesebb körű elismerése és a keresztények egységének előmozdítása érdekében. Kérjük a mindenható Istent, segítse meg a keleti és a nyugati keresztényeket, hogy közösen tudjanak tanúságot tenni Jézus Krisztusról, az ő igazságáról és szeretetéről. Őszinte nagyrabecsüléssel és testvéri szeretettel.” Az orosz ortodox egyház közel százhetvenmillió tagjával a legnagyobb ortodox egyház. Százhatvanhét egyházmegyére oszlik, kereken harmincezer plébániája van és kétszázkét püspöke. A XVI. század vége óta Moszkva patriarchátus rangra emelkedett. Nagy Péter cár (1682-1725) egyházreformja óta államegyház volt 1917-ig.