„Mindszenty József bíboros prímás, esztergomi érsek igazságtalan elítélése és börtönbüntetése fájó sebe a magyar katolikus egyháznak, de az egész magyar népnek is” – írta a bíboros. Lapunk 1989. július 23-i száma első oldalán már Németh Miklós válaszát is közölte. Ebben olvasható: „A Minisztertanácsnak 1989. február 22-ei – a koncepciós elemeket tartalmazó büntetőügyek felülvizsgálatáról szóló – határozata alapján elhatározott szándékunk, hogy az 1945 és 1962 között valamennyi ártatlanul elítélt személy ügyében a jogszerűség és a humanitás messzemenő figyelembevételével szülessen döntés.” A miniszterelnök megemlíti: a kiemelkedő jelentőségű ügyekkel külön is foglalkoznak. Németh Miklós átmeneti kormánya felkérte a legfőbb ügyészt, hogy a Mindszenty elleni egykori büntetőeljárást törvényességi szempontból vizsgálja felül. A Legfőbb Ügyészség 1989. november 8-án rendelte el a perújítási nyomozást. Somorjai Ádám bencés szerzetes és Zinner Tibor Majd’ halálra ítélve című dokumentumkötete szerint 1990. február 12-éig folytak a még megidézhető tanúk kihallgatásai. A június 14-ére elkészült összefoglalásból is látszik, hogy az egykori államvédelmisek tanúvallomásaikban mindent elkövettek, hogy a veréseket, erőszakot tagadják, és kedvezőbb színben tüntessék fel cselekedeteiket. A perújítás így is rámutathatott volna már a rendszerváltozás hajnalán a kommunista diktatúra koncepciós pereinek természetrajzára és az egyházüldözés módszereire. Egyszerűbb volt a még hatalmon lévő kormányzat számára minden részletezés nélkül semmissé nyilvánítani az ítéleteket. Perújítási eljárást nem lehetett kezdeményezni, mert időközben megjelent az 1990. évi XXVI. törvény az 1945 és 1963 közötti összes politikai elítélés semmissé nyilvánításáról. Mindszenty elítélése e törvény hatálya alá esett, tehát a bíboros „bűnügye” 1990. május 22-én a Fővárosi Bíróság által kiállított semmisségi igazolás kiállításával zárult. Amint Várszegi Asztrik püspök, pannonhalmi főapát a Somorjai–Zinner-kötet előszavában megállapítja: „az 1989. évi perújrafelvételt tudatosan elodázták, a végén a semmisség megállapítása pótolta az elmaradt rehabilitálást”. A többi a történettudományi kutatás feladata maradt.
