A kommunista hatalomátvétel után a szovjetek felszámolták a görögkatolikus egyházat – javait, ingatlanjait az orosz ortodox egyháznak adták át, a papokat pedig áttérésre kényszerítették. Bazil számos paptársával együtt megtagadta az áttérést az ortodox hitre. 1950-ben letartóztatták, és több mint egy évig tartó kínzás után, koncepciós perben, államellenes összeesküvés, hazaárulás, a Vatikán javára folytatott kémkedés vádjával tizenöt évnyi börtönbüntetésre ítélték. A börtönben a kínzások mellett kisdózisú arzénnal rendszeresen mérgezték. 1964-ben annyira megromlott az egészségi állapota, hogy kiengedték a börtönből, és három évre a Szudéta-vidékre internálták. Egy idősotthonban volt házi őrizetben, ahol az ott fogva tartott százhúsz szerzetes nővér lelkivezetője volt.
1968-ban térhetett vissza Eperjesre, miután megszűnt az egyház nyílt üldözése. Rehabilitálták, ám az akkorra súlyosan megosztott egyházban rossz hírét keltették, de a Vatikán megerősítette segédpüspöki tisztségében. Nagy körültekintéssel végezte feladatait, a hit megtartására ösztönözve a papságot. Egészsége nem állt helyre. 1976. június 23-án hunyt el, halálát bizonyíthatóan a börtönben elszenvedett kínzások okozták.
2003-ban II. János Pál pápa avatta boldoggá.
