Már halála pontos időpontját is gondos kutatásnak kellett kiderítenie. Beke Margit történész megállapítása szerint 1951. március negyedikén hunyt el, nyolc hónapi börtönélet után, feltehetően szívtrombózisban. „Radó orvos őrnagy március 5-én egy férfit vitt a Mosonyi utcai kórházba, aki már a mentőautóban meghalt” – olvasható egy állambiztonsági iratban. „Miközben minden elhunytat név szerint említenek meg, a mentőautóban elhunyt nevét nem jegyezték be. Valószínűleg tehát Meszlényi Zoltán lehetett e névtelen” – mondja Beke Margit. Sírját a rákosi újtemetőben „egy temetőőr gondozta, sőt, még keresztfát is állíttatott föléje a szokásos emblémával, s ezzel a felirattal: Itt nyugszik Meszlényi Zoltán – és a név alatt – 1892-1951.” Hatvanban született, gimnáziumi tanulmányait Rimaszombatban, Budapesten és Esztergomban végezte. 1915. október 27-én szentelték pappá Innsbruckban. A következő évben teológiából doktorált. Különböző beosztások után 1926-tól érseki titkár, majd 1930-36 között irodaigazgató. 1937-től a kassa-rozsnyói apostoli adminisztratúra magyarországi helynöke, és 1940-től szinopei választott püspök. A budapesti egyetem rendkívüli tanára, 1941 és 1945 között a prímási birtokok jószágkormányzója. A kutatások során előkerült egy 1947-es levél, amelyben Mindszenty „teljes titoktartással" Drahos Jánost, másodikként pedig Meszlényi Zoltánt nevezte meg helyetteseként arra az esetre, ha ő meghalna. Mindszenty József elhurcolása és elítélése után az első káptalani választás Witz Béla mellett döntött, aki azonban nem vállalta el a kinevezést. A helyzetet súlyosbította, hogy az állam ki akarta kényszeríteni Beresztóczy Miklós megválasztását. A segédpüspök hangot is adott aggodalmának a káptalani választás szabadságát illetően. A második választás 1950. június 17-én Meszlényi Zoltán mellett döntött, aki elvállalta a tisztséget, mert csak így látta biztosítottnak az egyházmegye kánonjogilag érvényes kormányzását, s végül éppen ez vezetett vértanúhalálához. Káptalani helynökké választása után nem sokkal, 1950 június-júliusának fordulóján püspöki palotájának kertjében délután, a szokásos uzsonna elfogyasztása idején törtek rá, és hurcolták el. Kistarcsára internálták, ahol éjjel-nappal, télen és nyáron nyitott ablaknál kellett tartózkodnia. Egy szalézi szerzetes pap kiszabadulása után elmondta: találkozott Meszlényi Zoltánnal, aki rossz testi-lelki állapotban volt, mégis ő ismert rá a papra, és még a pulóverét is nekiadta. Az alábbiakban Major Sándor kismarosi plébános személyes emlékek alapján idézi fel a mártíromságot vállaló püspök alakját.
1944 szeptemberében kezdtem meg tanulmányaimat az esztergomi szemináriumban. Meszlényi Zoltán segédpüspök volt a prodirektorunk. Minden vizsga után az indexeket az egyik hallgató elvitte hozzá aláírásra. Egy alkalommal rám került a sor. A szeminárium ablakából figyeltem, mikor vonulnak le a délutáni zsolozsmáról a kanonokok a bazilikából, köztük a püspök úr is. A bazilikához vezető feljáróval szemben lévő, kétszintes épületben lakott. Bekopogtam hozzá, s láttam, kezében a breviáriumot tartja. Mint szemtelen kispap, megkérdeztem: „Püspök atya, fönn a bazilikában most végezték el a zsolozsmát. S mégis újra kezdi?” Erre ő, a maga kissé szlovákos akcentusával így válaszolt: „Á, fiam, ázs ott nem ért semmit!” Kispapként néha bizony megbotránkoztunk, amikor láttuk, a kanonokok nem mindig méltóan végezték a zsolozsmát. Meszlényi püspök az ilyen alkalmak után lelki kötelességének tartotta, s újra imádkozott. Rendkívül imponált nekem ez a vonása. Egy másik, személyéhez kapcsolódó élményem már az ostrom idejére esik. 1944. december nyolcadikától hónapokig a pincében éltünk, közben Esztergom két alkalommal gazdát cserélt. A kispapok egy része a szeminárium alatti óvóhelyen húzta meg magát, az elsőéveseket, köztük engem a szeminárium szomszédságában lévő kanonoki épület pincéjében helyeztek el. Itt tartózkodott Meszlényi püspök úr is. A szemináriumban nem volt rádiónk. A püspök odaadta nekünk a sajátját, „hallgassátok csak, tőletek úgyis megtudom, ha valami fontos hírt mondanak be”. A kispapok érdekében le tudott mondani a sajátjáról. Az akkori szóbeszédben azt hallottam róla: mint a prímási birtokok jószágigazgatója, rendkívül keménynek és következetesnek bizonyult, de ha az övéből kellett bárkinek segítenie, mindig megnyilvánult nagylelkűsége.