A Népbíróság a köztársaság megdöntésére irányuló bűncselekményben, hazaárulásban, kémkedésben és valutaüzérkedésben találta bűnösnek a főpapot, akinek évtizedekig a nevét sem volt ajánlatos kiejteni Magyarországon. – 1990. május 18-án aztán az akkori igazságügy-miniszter levélben tájékoztatta az egykori elítélt hivatali utódját, hogy a Népbíróság 1949-ben hozott ítéletét – az 1990. évi XXVI. törvény alapján – semmisnek kell tekinteni. A jogtiprás negyvenegy év után orvosoltatott ugyan, de ami történt, megtörtént.
Pontos forgatókönyv szerint történt minden. Ma már tudjuk a Majd halálra ítélve című dokumentumkötetből, hogy Rákosi Mátyás cédulákra firkált utasításai alapján már Mindszenty bíboros 1948. december 26-án történt letartóztatása előtt elkészült a kihallgatási terv. December 29-én a kommunista párt (MDP) központi vezetőségének titkársága ugyancsak Rákosi vezetésével azt is elrendezte, hogy „vidéki nagyüzemekből és a parasztság képviselőiből f. hó 30-án delegációk jelenjenek meg Dobi miniszterelnöknél. A munkások és parasztok nevében egy-egy küldött beszéljen 3-4 percet. Dobi miniszterelnök válasza 6 percnél hosszabb ne legyen. (…) Kádár elvtárs a minisztertanácson ismertesse a Mindszenty-ügyet. Gondoskodni kell az anyag gyors nyilvánosságra hozataláról.” Közben brutális verésekkel és kínzó fárasztással folyt a kommunista hatalom propagandája számára fontos vallatási jegyzőkönyvek felvétele az Andrássy út 60.-ban.
A Kádár János belügyminiszter által december 27-én kiadott közlemény így foglalta össze a hercegprímás ellen emelt vádakat: „Mindszenty esztergomi érseket a köztársaság megdöntésére irányuló bűncselekmény, hazaárulás, kémkedés és valutaüzérkedés gyanúja miatt a rendőrhatóság őrizetbe vette.” A budapesti amerikai követ december 30-i jelentése szerint „Mindszenty letartóztatását Moszkva tervelte ki és diktálta. Az oroszok célja az volt, hogy kikényszerítsék a vallással való általános leszámolást.” Rákosiék persze élénken figyelték kezdettől a hazai és külföldi visszhangokat egyaránt. A kommunista párt vezető testülete már január 19-én kitűzte, hogy „a Mindszenty-ügy tárgyalása február 3-án kezdődjön, és 3 nap alatt fejeződjön be”. Ugyanez a testület döntött február 3-án arról, hogy „f. hó 8-án hozzanak ítéletet a Mindszenty-ügyben”.
A vádak, a per egész lefolyása szinte előkészítette a legsúlyosabb, a halálos ítéletet. A bíborossal is igyekeztek elhitetni, hogy ez várhat rá. Az „ítélet” azonban életfogytiglani fegyház lett, mert Rákosi politikai meggondolásokból gondoskodott róla, hogy Olti Vilmos bírónak tudomására hozza ezt a cinikus mondatot: „A pártnak nem lenne ellenére, ha nem ítélnék halálra Mindszentyt.” Rákosiékat a szabad világban tapasztalható tiltakozó hullám fékezhette valamelyest. XII. Piusz pápa 1949. január 2-án kelt hosszú és drámai levele a magyar főpásztorokon keresztül a katolikus hívekhez így kezdődött: „Mindszenty József bíboros, esztergomi érseknek vakmerő elfogatása és érseki székéből való eltávolítása mély fájdalommal sújtott Bennünket, mert ennek az érdemekben annyira gazdag egyházfőnek személyével kapcsolatban a vallás iránti köteles tiszteletnek és magának az emberi méltóságnak súlyos megsértését látjuk. (…) Jól tudjuk, milyen nehéz vihar szakadt rátok és a gondjaitokra bízott nyájra, de ismerjük apostoli buzgóságtokat is, szilárd és sok próbát kiállt lelkipásztori bölcsességteket és a szándékban, tanácsban és tettekben való rendíthetetlen egységteket. (…) Különösképpen pedig azt óhajtjuk, hogy imádkozzatok az isteni Megváltóhoz és az ő legszentebb Édesanyjához, Magyarország Nagyasszonyához, azokért is, akik üldöznek titeket, együttesen és szakadatlanul kérjetek világosságot a tévedéstől elhomályosult elmék számára, s egységet és összetartást azok számára, akiket a gyűlölet és harag elválasztott tőlünk, hogy így az isteni kegyelem segítségével a ti szeretett hazátok számára jobb és békésebb idők jöjjenek.”
A Mindszenty-per és az ítélet az Egyesült Nemzetek Szervezetének közgyűlését is foglalkoztatta. Az egész világközvéleményt képviselő testület a magyar egyházfő elleni ítéletet nemzetközi sérelemnek minősítette. Könyvtárnyi kötet jelent meg világszerte a magyar bíborosról. Igen sokáig az átlag nyugati polgárnak Magyarország neve hallatán – ha más nem is – Bartók és Mindszenty neve jutott eszébe. Ő maga 1948 novemberében így látta helyzetét, sorsát: „Nyugodtan nézem a mesterségesen felkorbácsolt hullámokat. Azon a helyen, ahol nem pártok, de az Apostoli Szentszék kegyéből és bizalmából őrt állok, a tajtékzó hullámok nem szokatlanok. A történelem változatos. Két elődöm a harctéren esett el. Kettőt összes javaitól konfiskálással megfosztottak. Vitéz Jánost fogságba vetették. Martinuzzi a hatalmasoktól felfogadott orgyilkosok kezétől esett el. Pázmányt, a legnagyobbat száműzték. Károly Ambrus a betegek látogatása közepette a valóban pusztító ragály áldozata lett. Elődeim közül senki sem állott ennyire eszközök híjával, mint én. Annyi célzatosan szőtt, százszor megcáfolt, de konokul tovább hirdetett valótlanság nem tajtékzott mind a hetvennyolc elődöm körül, mint körülöttem. (…) Imádkozom az igazság és szeretet világáért. Azokért is, akik Mesterem szava szerint nem tudják, mit cselekszenek.
