A XIX. század végi Oroszországban egy lengyel orvost (Jacek Poniedziałek) halálra ítélnek, mert megölte az egyik páciensét. A doktor ugyanis – nem tudván parancsolni vágyainak – éterrel elkábított egy fiatal nőt, ám az adagolást elvétette. Csodák csodájára a cár megkegyelmez neki, és száműzi. A doktorral legközelebb 1912-ben találkozunk, már az Osztrák–Magyar Monarchia egyik erődjében, ahol orvosként dolgozik. Munkája azonban kevésbé érdekli, sokkal jobban izgatják tudományos kutatásai. Elsősorban az éterrel és az elektromossággal kísérletezik. Az előbbit például a hipnózissal együtt szeretné alkalmazni, míg az utóbbit a vallatás hatékonyabbá tételére használja. Egy-egy megjegyzése arra utal, hogy az éter esetében jóval többről van szó egy hétköznapi anyag tulajdonságainak megismerésénél. Ő még – a kor tudósaihoz hasonlóan – úgy gondolja, hogy az éter tulajdonképpen a quinta essentia, amely kitölti a bolygók közötti teret. Számára azonban ennél is fontosabb, hogy e vegyület bódító és fájdalomcsillapító hatása kiiktatja az ember szabad akaratát.
A film két részből áll. Az első – jóval hosszabb – a Nyilvános történet címet kapta. Ha csak erre figyelünk – márpedig a második rész előtt mást nem tehetünk –, a doktorról nem feltétlenül Faust alakja jut az eszünkbe. Látszólag közelebb áll hozzá a Mary Shelley regényéből ismert Victor Frankenstein, aki „új utakra törve” és „ismeretlen erőket felfedezve a teremtés legmélyebb titkait” szerette volna felkutatni. A doktort azonban inkább a terápia és a gyakorlat foglalkoztatja, a jelenségek okát nemigen vizsgálja. A tudás ugyanis számára eszköz csupán, sokkal jobban érdekli az abból fakadó hatalom.
Ha felidézzük magunkban Johann Wolfgang von Goethe drámáját, azt is láthatjuk, hogy míg Faust jellemében az emberi lélek legnagyszerűbb vonásait is fölfedezhetjük, addig a doktor szándékai mögött semmi magasztost nem találunk. Míg Faust a mindig magasabbra és többre törekvő embert testesíti meg, addig a doktor lelkivilága meglehetősen kisszerű.
Ahogyan Faustnak is volt famulusa Wagner személyében, úgy a doktort is segíti valaki a munkájában. A vallásos Taras (Ostap Vakulyuk) – akit folyamatosan gyötör a lelkiismeret, mert apja holttestét szükségből eladta az orvosnak – azonban több lesz, mint munkatárs. Mindenben alárendeli magát a doktornak, aki igazán csak az ő akaratát tudja megszerezni magának. Margit – azaz Malgorzata (Maria Ryaboshapka) – is felbukkan a filmben, egy szintén vallásos, elmebeteg lány személyében. Úgy tűnik, tisztaságával neki kellene ellenpontoznia a doktor démoni karakterét. Az is nyilvánvaló, hogy nem létezhet Faust Mefisztó nélkül. Ő az Elöljáró (László Zsolt), akinek valódi szerepe csak a második részben, a Titkos történetben bontakozik ki.
Bár Zanussi alkotása kerek egész, a végén mégis marad hiányérzetünk. A rendező nem titkoltan a tudomány és a hit között feszülő ellentétet szerette volna ábrázolni. A filmben ugyanakkor csak a természettudománnyal találkozunk, holott Faust a jog, a filozófia és a teológia magisztere is volt. Taras apjának holttestével a doktor végül nem kezd semmit, kísérleteinek jó része pedig nem irányul semmilyen beazonosítható célra. Azzal, hogy alig látjuk az orvostudomány hasznos oldalát, egy olyan tudós – és általa egy olyan tudomány – képe bontakozik ki előttünk, amely szükségképpen fog ellenszenvet ébreszteni bennünk.
Ha a tudományról ennyire rossz a rendező véleménye, akkor biztosan a vallás fogja megadni az ember számára a valódi és helyes válaszokat – gondolnánk. A tudatlan Taras és a pszichiátriai kezelés alatt álló Malgorzata valóban szembehelyezhető a hideg racionalitás által vezérelt doktorral. Taras jóindulatú, ösztönösen érzi, hogy valami nincs rendben azzal, amit az orvos tesz, mégis a rabjává válik, olyannyira, hogy még az életét is feláldozná érte. (Ennek oka persze az is lehet, hogy egyszerűen hálás a jótevőjének.) Malgorzata nincs mindig magánál, ennek ellenére látja, hogy az orvos bizony rászorul az imáira. De ahogyan a tudománnyal is csak lealacsonyított állapotában találkozunk, ugyanúgy a hit sem bontakozik ki a maga teljességében. Az utóbbira ugyanakkor találhatunk választ, hiszen a film közvetlenül az I. világháború előtt, egy ész uralta korban játszódik, amikor a vallás hangjára senki sem figyelt. Gyengeségét pedig ki más jeleníthetné meg a legjobban, mint egy műveletlen parasztlegény és egy zavarodott lány.
A morális mélypont ábrázolása ugyanakkor a második részben erősebb lett. A doktor körüli valóság egyre több valótlansággal lesz teli, mindenről kiderül, hogy hamis – a pénz ugyanúgy, mint a pap –, a hazugság örvénye pedig végül a doktort is magával sodorja. Az ördög megelégedésére, aki már javában készül az eddig még sosem látott, nagy pusztításra.