1922-ben nagy meglepetést okozott, amikor Munkács-Csernekhegyen belépett a Nagy Szent Bazil Rendbe. Az vezérelte, hogy a szerzetesi fogadalom révén még inkább Istennek szentelje magát. 1923-ban öltözött be, s ekkor vette fel a Pál nevet. Visszavonult, aszketikus életet szeretett volna élni, ám elöljárói másképp döntöttek: 1926-ban kinevezték eperjesi apostoli adminisztrátorrá, 1927-ben pedig harpasi püspökké.
XI. Piusz személyes audiencián fogadta, amelynek során átadott neki egy aranyfeszületet ezekkel a szavakkal: „Ez csak halvány jelképe annak a keresztnek, amelyet püspöki hivatásod során az Úrtól kapsz.” Gojdics Pál főpásztorként megújította a papság és a világi hívek lelki életét. Parókiákat alapított többek között Prágában, Pozsonyban, Léván, illetve árvaházat és görögkatolikus általános iskolát is nyitott Eperjesen. Támogatta az oktatást és a katolikus sajtót, és soha nem szűnt meg gondoskodni a legszegényebbekről.
1939-ben a külföldi agresszió és a belső feszültségek nyomán összeomlott a független Csehszlovák Köztársaság. Gojdics Pált ebben a zavaros időben nevezték ki a munkácsi apostoli adminisztratúra szlovákiai adminisztrátorává, majd eperjesi megyés püspökké. A világháború alatt mindent megtett a szenvedőkért. A Jad Vasem Intézet 2008-ban a Világ Igaza címmel tüntette ki zsidómentő tevékenységéért.
A kommunista hatalomátvétel során ellenállt minden olyan kezdeményezésnek, amellyel a görögkatolikusokat be akarták olvasztani az orosz ortodox egyházba. 1950-ben Eperjesen törvényen kívül helyezték a görögkatolikus egyházat. Amikor Gojdics Pál megtagadta a székesegyház kulcsainak átadását, letartóztatták. Hiába próbálták kínzással vagy ígéretekkel az ortodoxiába kényszeríteni, ezért 1951-ben életfogytiglani börtönbüntetésre ítélték.
Illaván és Lipótváron raboskodott. Felajánlották neki, hogy szabadon engedik, ha elfogadja a csehszlovák ortodox egyház pátriárkájának tisztét, de elutasította az ajánlatot. Folyamatosan fizikai és lelki kínzásokat kellett elszenvednie, de soha nem panaszkodott. Minden lehetséges időt kihasznált az imádságra, és ha csak alkalom adódott rá, a szent liturgia bemutatására. Hetvenkettedik születésnapján hunyt el, tüdőrákban. Holttestét jeltelen sírba helyezték a börtön temetőjében. Nyolc évvel később földi maradványait átszállították Eperjesre. 2001-ben avatta boldoggá II. János Pál pápa.
