Bár a Krisztus-hívő lakosság a népvándorlás századaiban eltűnt a vidékről, az ókeresztény emlékeknek valószínűleg szerepük volt abban, hogy a város lett az 1009-ben alapított egyházmegye püspöki székhelye. S ha Pécsre gondolunk, e két, időben elváló örökség ma is összefonódik, hiszen együtt alkotják az egyházmegye ma is élő kultúrájának gyökereit. A pécsi püspöki székhely történetének kezdetétől bőkezű javadalmakban részesült – ezen időszak művészeti emlékei azonban áldozatul estek a tatárjárás pusztításának. A korszak gazdagságáról ma az egyházmegyei gyűjteményhez tartozó Dómmúzeum mesél, ahol a székesegyház 1800-as évek végi átépítése során előkerült, ezernél több XII. századi kőfaragványt mutatják be. Ez Közép-Európa legnagyobb román kori kőtára, amely nemcsak méretében egyedülálló, hanem a leletek művészettörténeti jelentőségét tekintve is, hiszen olyan templomdíszítésről tanúskodik, amely példa nélküli volt az Árpád-kori Magyarországon. Mikor az itáliai és francia mestereket dicsérő faragványokat megtalálták, a XIX. században, egy kőtárban helyezték el azokat. A ma látogatható múzeumot 2004-ben hozták létre a gyűjteményből. A kiállítóteremben úgy rendezték el a töredékeket, a török korban elpusztított arcú emberalakokat és a csodálatosan kidolgozott növényornamentikával ellátott köveket, ahogyan eredetileg elhelyezkedhettek a székesegyházban – kelet-nyugati tájolással, oldalt az altemplom lejárataival, amelyek hazánk legértékesebb román kori emlékei közé tartoznak.
A tatárjárás után újra virágzó, az ország egyik legnagyobb főtemplomával büszkélkedő pécsi püspökség gótikus és reneszánsz kincsei a török megszállás alatt vesztek el. A megelőző évszázadokból csupán egyetlen műtárgy maradt fenn Pécsett. A bazilika kincstárának anyagából 1994-ben létrehozott állandó kiállítás legrégebbi tárgya ez az 1500 körül készült filigrános kehely. A legenda szerint egy, a mohácsi csatamezőről menekülő ember rejtette el egy odvas fába, ott találták meg 1800 körül. A székesegyház Mária-kápolnájában helyet kapott tárlat anyagának gerincét az egyházmegye következő évszázadainak szakrális művészeti emlékei alkotják. A barokk kortól a XX. századig számos főpap gyarapította a kincstárat, a liturgikus könyvek, textíliák, ötvösmunkák gazdag gyűjteményének csupán kis része látható az egyházmegyei múzeumban. A bemutatott, jobbára külföldi – bécsi, augsburgi – műhelyekben készült tárgyak egyszerre hordozzák a különböző korok kultúrtörténeti emlékeit, illetve készítőik, megrendelőik hitének nyomát.
A kiállítás részeként a Mária-kápolnában őrzik Európa legnagyobb alabástromfaragását, egy ismeretlen holland mester alkotását. Gazdag családok készíttettek ilyen emlékköveket, hogy haláluk után is hirdessék emléküket. A hit, a remény és az ötféle szeretet allegóriáját megjelenítő faragás több mint két évtizeden át készült, ezért végül a ma már ismeretlen megrendelők nem vették át az alkotást. Eszterházy Pál László viszont, aki pálos rendfőnökként Rómában élt, ki tudta azt fizetni, s mikor 1780-ban kinevezték pécsi püspökké, magával hozta az emlékkövet. A pécsi az egyetlen olyan Szent István-i egyházmegye, amelynek alapítólevelének keltét napra pontosan ismerjük: 2009. augusztus 23-án ünnepli a püspökség fennállásának ezredik évfordulóját. Ez alkalomból egy központi szakrális gyűjteményt hoznak létre a volt kanonoki házban, amelyet most Martyn-házként ismernek a pécsiek. A tervek szerint itt, a tágas kiállítótérben helyet kapnak a jelenleg raktáron lévő tárgyak, illetve azok a műkincsek is, amelyeket egyelőre a környező plébániák rejtenek – így őrizve és közvetítve a következő nemzedékek számára az egyházmegye és általa az egyetemes keresztény kultúra művészeti értékeit.