Kiáltványaiban igen radikális szavakkal buzdította a népet: „Nem kell többé koronás apa, ki aranyos fejét azon törje, hogyan igázza le nemzetünket. (…) Ha nincs elég fegyverünk, leszedjük keresztjeinket, harangjainkat, és szent edényeinket kovácsoljuk fegyverré, és ezekkel verjük le az istentelen nemzettapodókat. Ezekkel verjük le, ha kell az osztrákot, ha kell az oroszt.” A szabadságharc bukásának napjaiban Világosnál találjuk Rónayt, ahonnan barátjával, Lukács Sándorral bujdosni indult, majd emigrációba menekült Angliába. Előérzete nem csalta meg, az osztrák hadbíróság felségárulásért vagyonelkobzásra és halálra ítélte, s 1852. május 6-án huszonöt társával együtt „in effigie” végrehajtották rajta az ítéletet, teste hiányában nevét akasztva a bitófára.
Londonban eleinte aktívan bekapcsolódott a politikai szervezkedésekbe. Külhoni tevékenységének első fontos állomása volt, amikor 1850. október 9-én az emigráns magyarok összejövetelén szónokolt az egy esztendővel korábban kivégzett vértanúkra emlékezve. 1851 nyarán, a Mack-féle összeesküvés idején Rónay is párhuzamos szervezkedésbe kezdett. Októberben, bár nem volt jelen a kikötői fogadáson, megszerkesztette a magyarok beszédét a Törökországból Angliába érkező Kossuth Lajos köszöntésére, majd a leendő magyar tiszteket képző utásziskolában is tanítást vállalt.
Rövidesen azonban már azok közé sorolták, akik nem támogatják a konspirációs terveket. Véleménye megváltozásának nemcsak a hazai szervezkedések kudarca lehetett az oka, hanem az is, hogy 1851 és 1852 fordulójára az emigráció egysége igen megrendült. Rónay a külföldön teljhatalmat akaró volt kormányzó ellen foglalt állást, mondván: a népet most az emigráció egésze képviseli. Amikor Kossuth díjazás ellenében felajánlotta neki a magyar ügy stockholmi képviseletét, Rónay nem fogadta el. 1852 tavaszán tizennégy társával ki is lépett a londoni magyar emigránsok szervezetéből. Ekkoriban arról értesítették Kossuthot Londonból, hogy „minden fondorkodásnak Rónay a kútfeje, s hogy ő valódi és működő tagja a jezsovista társaságnak, (…) maga soha senkivel csak a legparányibb szóváltásba sem keveredvén.” E sorok írója túlértékelte Rónay szerepét, de a szöveg jól mutatja, hogy a bencés szerzetes ekkor még aktív politikai tevékenységet végzett. Naplójában Rónay így foglalta össze ezt az időszakot: „Kezdetben fennen hirdettük: együtt kell maradnunk, hogy a közös célra közreműködjünk! És szerveztük a testületeket, és együtt maradtunk kötelező szabályok s fegyelem nélkül, és reméltünk jövő nélkül. Ily szövetség nem számíthat állandóságra. (…) A gyülekezés azt segítette elé legkevésbé, mi fő célja lett volna, az egyetértést.” Kifelé azonban nem mutatott semmit a vitákból: „Én nem voltam soha, még a hazában sem Kossuth-imádó, s még kevésbé Angliában, de idegenek előtt nem emeltem ellene soha panaszos vagy rosszalló szót, mert neve elválaszthatlanul összeforrott hazám ügyével, s ezt tiszteltem.”
Lassan visszahúzódott az egyébként is beszűkülő politikai csatározásoktól. 1853 novemberében még ő szólalt fel magyar részről angolul és latinul azon a lengyel ügy támogatására rendezett londoni találkozón, amely egyike volt a legnagyobb ilyen népgyűléseknek. 1854-ben a török–orosz háborúval kapcsolatban már nem osztozott abban a reményben, hogy sikerül összefogni az emigrációt. A tanúságot úgy fogalmazta meg, „hogy kik a politika áldozatai, azokat akarva, nem akarva űzi a politika, s végre is mint szemfedél boruland meghiúsult reményeik hamvaira.”
Emiatt is, és főként anyagi okokból ekkorra már a dolgos hétköznapoké volt a főszerep az életében. Miután szerzetesi elöljárója nem engedélyezte, hogy papi hivatását gyakorolja, gyorsan megtanult angolul, és tanításból tartotta fenn magát. Szorgos, alázatos munkája biztosította anyagi és szellemi függetlenségét: „(…) egészséges vagyok, s (…) eddigelé saját szorgalmam által képes voltam, habár szűken is, de függetlenül élni.” Ez valóban így volt, s ezért neve – sok honfitársáétól eltérően – nem szerepel a segélyezettek között a Pulszky Ferenc vezette angliai emigráció számadáskönyvében. Az évek során oktatott a londoni magyar haditanodában mértant, világtörténelmet olvasott fel angol hölgyeknek, és házitanítóskodott rendületlenül, ha kellett, latint, görögöt, németet, franciát, angolt, számtant, mértant, földrajzot, rajzot, írást vagy magyar nyelvet tanítva. Egyik tanítványához kötődik 1858-as tevékenysége, amikor az általa oktatott lady Anne Stafford magyar szerelmének, gróf Széchenyi Bélának segített kinyomtatni titokban a döblingi remete Ein Blick című művét. Ezen évben írta egyik levelében: „Igaz, hogy nehéz mindig bölcsnek lenni, de helyzetemmel kibékültem, s ha néha-néha feljajdul is szívemben a múltnak emléke, letörlöm könnyeimet, és nyugodtan haladok ismét pályámon.”
Szívós munkája, szolid élete példamutatóvá vált az emigrációban, ezért tisztelet övezte. 1859 októberében Kossuth Lajos is felkérte gyermekei nevelőjének. Másfél évig latint és jogot tanított Ferencnek és Lajosnak.
A tanításon kívül Rónay több magyar lap tudósítója volt, írt lélektani, geográfiai, növény- és állattani műveket, színházi elemzéseket, és hazánkban ő volt a darwinizmus első népszerűsítője.
1866-ban hazatért. Elveit nem adta fel, kegyelmet sem kért, de a bencés rend lehetővé tette számára a visszatérést. Az emigrációban töltött tizenhat év nem tűnt el nyomtalanul: „Életem megvallom örömtelen, s ha a múltra, ha londoni barátaimra gondolok, nehéz könnyűk pördülnek szememből” – írta ekkoriban. Az egy évvel későbbi kiegyezést támogatta, megválasztották Győr vármegye országgyűlési képviselőjének. Ugyan ezen évben az MTA jegyzőjévé és rendes tagjává választotta. Nem sokra rá pozsonyi nagypréposttá, majd címzetes szkodári püspökké nevezték ki, s ezáltal a főrendi háznak is tagja lett. A történelem fintora, hogy a Kossuth gyermekek oktatója a kiegyezés után Ferenc József gyermekeinek lett a nevelője. Először Rudolf trónörökös tanára volt, majd 1875-től nyolc éven keresztül Mária Valéria főhercegnő tanulmányait felügyelte. 1889. április 17-én hunyt el.
