Fontos szerepet játszott a trienti zsinat utolsó ülésszakán, majd Milánóban megkezdte a reformok megvalósítását. Hosszan sorolhatnánk, milyen alapvető változásokat vezetett be a liturgiától kezdve a vagyonkezelésen keresztül a papnevelésig. Az akkori forrongó helyzetet jól mutatja, hogy a ferences rend egy feloszlatott ágának tagjai még merényletet is megkíséreltek ellene. Ám akármilyen támadások érték is, kitartott a zsinati reformok mellett, példáját pedig sok püspök követte.
Talán legnagyobb tette mégsem egyházi döntéshozás volt. Az 1576-os pestisjárvány kitörésekor, mikor Milánó valamennyi vezetője elmenekült, ő a városban maradt és a betegellátás élére állt. Személyesen látogatta azokat a házakat, amelyeket karantén alá helyeztek. Kórházakat alakított ki, élelmiszert, gyógyszereket biztosított a rászorulóknak, és még egy útmutatót is kiadott az ápolásról.
Élete második felében mind közelebb került a hétköznapi emberekhez, a szegényekhez. A nyomor minden formáját próbálta intézményesen is orvosolni: árvaházakat, menhelyeket, ispotályokat, népkonyhákat szervezett, megmutatva: a hit tettek nélkül mit sem ér.
