1924-ben döntött a papi hivatás mellett. Teológiai tanulmányait Rómában, a Collegium Germanicum-Hungaricumban végezte. 1930-ban szentelték pappá. 1934-ben zágrábi segédpüspök lett. 1937-ben, harminckilenc évesen zágrábi érsekké nevezték ki, és átvette a horvát katolikus egyház irányítását.
Védte az egyház jogait, elutasítva mind a nemzetiszocializmust, mind a kommunizmust. Szigorúan bírálta a II. világháború alatt hatalomra került usztasák tevékenységét; Jugoszlávia náci megszállásának kezdetén szót emelt a Dávid-csillag viselésének kötelezettsége ellen. 1941-ben levelet írt a belügyminiszternek, Andrija Artukovićnak, melyben hangsúlyozza, hogy más népek életben maradási lehetőségeinek elvétele és megbélyegzése súlyos erkölcsi kérdéseket vet fel.
Pásztorlevelet intézett a horvát papsághoz: „Azokat a zsidó és szláv ortodox embereket, akik életveszélyben vannak, és át akarnak térni a katolikus hitre, fogadjátok be és kereszteljétek át katolikussá, hogy ezáltal megmentsétek az életüket. Ne kérjetek tőlük különleges vallási ismereteket, hiszen az ortodoxok egyébként is keresztények, miként mi, a zsidó vallás pedig éppen az a vallás, amelyből a kereszténység ered. Amikor az őrület és barbárság ideje elmúlik, egyházunkban megmaradnak majd, akik meggyőződésből tértek katolikus hitre, míg a többiek a veszély elmúltával visszatérnek majd saját vallásukhoz.”
Stepinac üdvözölte a horvát állam megalakulását, de szembehelyezkedett Ante Pavelić rezsimjével, főként annak vallási türelmetlensége és fajüldözése miatt. Elüldözött zsidók, szlovének és szerbek ezreit segítette. Nyíltan kiállt a fajelmélet ellen. Egy prédikációjában így fogalmazott: „A katolikus egyház nem ismer fajokat, melyek uralkodnak, és fajokat, melyek szolgálnak. A katolikus egyház csupán úgy ismeri a fajokat, mint Isten teremtményeit.”
1945-ben, a kommunista Jugoszlávia megalakulásakor Stepinacot háborús bűnössé nyilvánították. Tizenhat éves szabadságvesztésre ítélték. Lepoglaván raboskodott, majd 1951-től Krašićban volt házi őrizetben. 1952-ben XII. Piusz pápa bíborossá nevezte ki. A külföldi száműzetést nem fogadta el. 1960. február 10-én otthonában halt meg; egyesek szerint betegségben, mások szerint mérgezés végzett vele.
II. János Pál pápa 1998-ban avatta boldoggá.
