Nepomuki János Dél-Csehországban született. Egész Prága ismerte és szerette – papként és szónokként egyaránt. A legenda szerint IV. Vencel király felesége őt választotta gyóntatójául. A király egy sikertelen mérgezési kísérlet után bizalmatlanná és agresszívvé vált. Meg akarta tudni, mit gyónt a felesége. Mivel azonban János nem volt hajlandó megmondani, 1383-ban megkínoztatta és a Moldva folyóba dobatta a papot. A prágai érseknek a pápához intézett hiteles jelentése e szavakkal végződik: „Helynökömnek az oldalát oly súlyosan összeégették, hogy erőszakos halál nélkül is bele kellett volna halnia. Azután a tiszteletre méltó János doktort teljes nyilvánosság mellett a város útjain és utcáin át a Moldvához vonszolták. Ott a kezét hátrakötötték, a fejét karikában a lábához erősítették, és száját egy fapöcökkel szétfeszítették, majd a prágai hídról letaszították, és így vízbe fulladt.” A prágai Szent Vid-székesegyházban temették el.
Nepomuki Jánost, az egyházjog doktorát és az érsek általános helynökét számos prágai forrás emlegeti, ám arról a legtöbb helyen nincs szó, hogy a királyné gyóntatója lett volna. Valószínű, hogy inkább az egyház jogainak védelmében halt vértanúhalált. Az érseket egy dokumentum szerint túl erősen foglalkoztatta az egyház és önnön anyagi jóléte és tulajdona, s ezek védelmében nem riadt vissza az egyházi átok alkalmazásától. János halála ennek fényében nem feltétlenül volt az Isten dicsőségét szolgáló vértanúság.
Felmerült a kutatókban, hogy esetleg két különböző emberről van szó, de nem valószínű, hogy egy időben két Nepomuki János élt volna Prágában, és egyiküket mint a királyné gyóntatóját 1383-ban, másikukat pedig mint az érsek helynökét tíz év múlva ölték meg. Ezért ma többnyire úgy vélik, hogy egyetlen személyről van szó, aki a prágai érsek helynökeként került összeütközésbe Vencel királlyal és tanácsosaival.
Thomas Ebendorfer von Haselbach humanista, a bécsi egyetem rektora szerint „Vencel a felesége gyóntatóját, Jánost, a teológia magiszterét is a Moldvába fojtatta. Egyrészt azért, mert János kijelentette, hogy csak az méltó a király névre, aki jól kormányoz, másrészt azért, mert állítólag nem akarta megszegni a gyónási titkot.”
A huszita mozgalom szintén hozzájárult Nepomuki János tiszteletének kialakulásához, mert Vencel és második felesége támogatta az újító Huszt. Ezért többen amellett vannak, hogy Nepomuki Szent János szentté avatására mint a huszitizmus elleni akcióra kell tekintenünk.
