Apja a navarrai királyi tanács elnöke volt, amíg a királyságot Kasztília 1512-ben be nem kebelezte. Ferenc volt a harmadik fiú a családban. Őt is papi pályára szánták, mint általában a nemesi családok kisebb gyermekeit, ezért a Párizsi Egyetemre ment tanulni. Ott egy másik baszk hallgatóval került egy szobába, akit ma Loyolai Szent Ignác néven ismerünk. 1534-ben öt társukkal a párizsi Montmartre egyik kápolnájában ünnepélyes fogadalmat tettek: szegénységre, nőtlenségre és egy szentföldi zarándoklatra.
Miután a társaság tagjai befejezték tanulmányaikat, Velencében gyűltek össze. Ferencet itt szentelték pappá, 1537-ben. Új tagokkal bővülve Rómába indultak, hogy a pápának ajánlják föl szolgálataikat. Prédikációik és az, hogy odaadóan betegeket ápoltak, népszerűvé tette őket. III. János portugál királynak elhivatott papokra volt szüksége, hogy új ázsiai gyarmatain tanítsák a keresztényeket és megtérítsék a nem keresztényeket. Ferenc egy társával 1540-ben Lisszabonba, majd Indiába hajózott. A következő év őszén III. Pál pápa hivatalosan elismerte az Ignác követőiből alakult új rendet, a Jézus Társaságát.
Ferenc 1542 májusában egyedül érkezett meg Goába, a portugál gyarmatok indiai központjába, társa Lisszabonban maradt. Mintegy három évig működött a félsziget délkeleti partján az egyszerű gyöngyhalászok, a paravák között. Tolmácsai segítségével tamil nyelvre fordított egy kis katekizmust, és fáradhatatlanul járta a falvakat, hogy a korábban megkereszteltekben erősítse a hitet. Hamarosan a délnyugati parton élő makuánok között is tízezer embert keresztelhetett meg.
Később a maláj szigeteken, Melakában több hónapig folytatott evangelizációs munkát a portugál kereskedelmi központ vegyes lakossága körében, majd missziós állomást hozott létre a Maluku-szigeteken. 1548-ban tért vissza Indiába, ahol teológiai szemináriumot alapított a helyi papság és a hitoktatók számára. Indiában az újonnan szervezett ázsiai jezsuita rendtartomány vezetőjévé nevezték ki.
Melakában megismerkedett egy japánnal, akit mélyen érdekelt a kereszténység. 1549-ben az újonnan megkeresztelt férfival és több társával Japánba – melyet az európaiak csak nem sokkal korábban ismertek meg –, Kagosima kikötőjébe érkezett. Fölismerte, hogy Japán megtérítéséhez Kínán át vezet az út, hiszen a japánok a kínai kultúra hatása alatt álltak. Ám Kínába már nem tudott eljutni: maláriát kapott, és meghalt a kínai partok közelében fekvő Sang Csuan-szigeten.
