Amikor József meghalt, egész Európában ismerték a nevét, pedig nem alapított új rendet, nem írt egyetlen könyvet sem, és új lelkipásztori módszerekkel sem élt. Nyolc és tizennégy éves kora között sokat betegeskedett. Amikor végül meggyógyult, már nem tudta lemaradását bepótolni a tanulásban. A kapucinusok tizenhét éves korában felvették laikus testvérnek, gyenge egészsége miatt azonban nyolc hónap múlva elbocsátották. Ezután egy minorita kolostor felfogadta szolgának. Itt megtanult írni, olvasni, és végül jámborsága miatt felvették a rendbe is. 1628-ban szentelték pappá.
A Copertino közelében lévő Santa Maria de Grottella kolostorba került. Gyakran voltak extázisai, és rengeteg szemtanú láttára sokszor és hosszasan lebegett is.
Híre elterjedt, ezért rengetegen mentek Maria de Grottellába, hogy láthassák és beszéljenek vele, rendi elöljárója pedig misszionáriusként küldte az egész tartományba. Az általa keltett feltűnés az egyházi elöljárók előtt sem maradhatott elrejtve. Egy püspöki helynök kételkedve így írt róla: „Egy harminchárom éves ember a Messiást játssza; egész néptömeget vonz maga után.” Józsefet az inkvizíció kivizsgálás végett Nápolyba idézte. Semmi kifogásolnivalót nem találtak benne, mégis ezután visszavonultan kellett élnie. 1639-ben Assisibe került, ahol tizennégy évig maradt.
A misztikus extázisról ő maga így vallott: „A lélek királynőhöz hasonlít, akinek a testi érzékek a szolgálói. Ha a lélek a király lakába lép, az érzékek kívül maradnak, és semmiféle inger sem mozgatja meg őket. Maga a lélek pedig teljesen Teremtője birtokába kerülve nyugszik.”
Mise közben minduntalan elragadtatásba esett, a szertartás emiatt akár öt óra hosszat is eltartott. A szeretet gyakran annyira megragadta, hogy énekelnie kellett. Életében általában is nagy szerepet játszott a zene. Olyan dolgok iránt is érzékeny volt, amelyeket az átlagember észre sem vesz. A lelkükbe látott az embereknek.
Híre egyre jobban elterjedt. Bíborosok, püspökök, fejedelmek keresték fel vagy ajánlották magukat imáiba. Mindig szegények, betegek és segítséget keresők vették körül. Úgy tartották, ha a szent életű szerzetes ruhájának kis darabkáját egy betegre helyezik, az meggyógyul.
Rendi elöljárói és az inkvizíció egyre gyanakvóbban figyelte a különös jelenségeket és a nép növekvő lelkesedését, majd 1653 júliusában meglepetésszerűen beavatkoztak: Józsefet megfigyelés végett a pietrarubbiai kapucinus kolostorba szállították. Ott-tartózkodásának híre azonban gyorsan elterjedt, és miséje alatt csakhamar összegyűlt a nép a templom előtt. Ezért átküldték Fossombrone nehezen hozzáférhető kapucinus kolostorába. Végül a minoriták azt kérték VII. Sándor pápától, hogy József visszatérhessen az egyik kolostorukba. A pápa hozzájárult ehhez, ám átszállításának titokban kellett végbemennie. Osimo kolostorába került.
Amikor 1663 elején beteg lett, cellájában felállítottak egy kis orgonát. Az orgonista játszott neki, ő pedig énekelt hozzá, és a többieket is arra kérte, hogy énekeljenek vele együtt. „A szamár kezd a hegyre felkapaszkodni” – mondta tréfálkozva, amikor érezte, hogy közeledik a vég. Utolsó napjaiban így énekelt: „Lelkem, szeress, szeress!”
