Egyszerű, vallásos család fiaként született. Nyolcéves volt, amikor szülei szállást adtak egy papnak, aki Madridba igyekezett, és lelkesen beszélt a spanyolok vallásos életéről. A gyermek kipirult arccal hallgatta, és amikor a pap eltávozott, megszökött otthonról: Madridba akart menni. Miután három héten át eredménytelenül kutattak utána, édesanyja belehalt bánatába. Ezt követően az apa ferences testvér lett. Ő sem látta többé a fiát.
Jánost egy kis spanyol város, Oropesa pásztorainak vezetője irgalomból a házába fogadta. Felnövekedvén már az egész birtokot ő vezette. A gazda elhatározta, hogy feleségül adja hozzá a lányát.
János azonban úgy gondolta, a házasság nem neki való. Először gondolkodási időt kért, aztán elutasította az ajánlatot. Amikor pedig gazdája erőltette a dolgot, elszökött.
Katonának állt, és a francia–spanyol háborúban szolgált. Katonaként elfeledkezett az imádságról, és egyre mélyebbre süllyedt. Egy nap leesett a lováról, és elvesztette az eszméletét. Amikor magához tért, ellenséges területen találta magát. Szerencsére sikerült visszatérnie a spanyol táborba, ahol megbízták, hogy őrizze a zsákmányt, de azt minden ébersége ellenére ellopták. Őt gyanúsították a tett elkövetésével, és halálra ítélték. Fel akarták akasztani, de egy magas rangú tiszt megkegyelmezett neki, azzal a feltétellel, hogy minél előbb eltűnik a hadseregből.
Visszatért Oropesába, régi gazdájához, aki örömmel fogadta ugyan, de ragaszkodott lánya és János frigyéhez. A fiatalember erre harmadszor is a szökést választotta. Beállt abba a hadseregbe, amely Bécsnél harcolt a törökök ellen. A hadjárat befejezése után elzarándokolt Compostelába, és ott megvilágosításért imádkozott, de kérdésére nem kapott választ. Egy nap aztán az a gondolata támadt: Afrikába megy, hogy ott segítségére legyen a fogoly keresztényeknek, és talán dicsőséges vértanúságot is szenvedjen. Elszegődött egy gróf családjához, aki Ceutába ment száműzetésbe. Megismerkedett egy ferences atyával, aki megmondta neki, hogy a vértanúság utáni szomjúhozásában még sok az önszeretet. János erre visszatért Gibraltárba, és szentképeket árusított. Hamarosan kis boltot vett magának Granadában.
Avilai János, a híres hitszónok érkezett a városba, és szavai mélységesen megragadták a fiatalembert. Elajándékozta minden áruját, és bezárta a boltját. Mivel igen különösen viselkedett – kiabálva és a mellét verve szaladgált az utcákon –, bolondokházába csukták. Avilai János meghallotta, mi lett prédikációjának a következménye. Meglátogatta az „őrültet”, és rábeszélte, hogy kezdjen mások számára hasznos életbe.
Istenes János negyvenkét éves volt ekkor. Egy zarándoklat alkalmával világos lett számára, hogy Isten arra hívja: betegeken, szegényeken segítsen.
Ekkortól éjszaka fát gyűjtött az erdőben, s nappal eladta. Árából élelmet és orvosságot vásárolt a vagyontalan betegeknek. Ez az üzlet is felvirágzott, így János házat bérelhetett. Ebben helyezte el betegeit, és önfeláldozóan ápolta őket.
A betegek szolgálatában, megfeszített munkában eltöltött tizenhárom év felőrölte erejét. Halálának közeledtét érezve elrendezte kórháza ügyeit. Ötvenötödik születésnapján halt meg.
Az ő követői az irgalmas testvérek. Szerzetesrendjük az egész világon elterjedt.
