Németalföldön, a későbbi Hollandia Nijmegen városában született, ahol édesapja volt a polgármester. Tanulmányait Kölnben végezte, diákként rendszeresen látogatta a karthauzi rend Szent Barbara-kolostorát, továbbá a devotio moderna, az egyház megújulását célul kitűző lelkiségi irányzatot követő egyházi köröket.
1543-ban belépett a jezsuita rendbe, 1546-ban szentelték pappá. Loyolai Szent Ignác döntésének megfelelően Rómába került, majd Bolognában teológus doktori címet szerzett. A jezsuita rendalapító német földre küldte misszióba, a reformáció hatására ugyanis a katolikus hit a német nyelvterületen eltűnőben volt. A fiatal jezsuitára bízott feladat, vagyis az, hogy a reformáció országaiban új életre keltse a katolikus vallást, szinte lehetetlennek tűnt.
Az Ingolstadti Egyetem docense, majd rektora lett. Később rövid időre Bécsbe került, ahol lelkipásztori szolgálatot végzett kórházakban és börtönökben. 1555-ben Summa doctrinae christianae címmel katekizmust írt válaszul Luther katekizmusára. Ez Péter haláláig kétszáz kiadást ért meg. Nevéhez fűződik a prágai jezsuita kollégium megalapítása. 1569-ig a új felső-német jezsuita rendtartomány elöljárója volt. A német nyelvterület országaiban a Jézus Társasága erős hálózatát alakította ki, elsősorban kollégiumok létrehozásával, amelyek a katolikus megújulás kiindulópontjaivá váltak.
Részt vett a híres wormsi gyűlésen, és nagy hatást keltve felszólalt a trentói zsinat befejező ülésén. Itt hangsúlyozta: a német hívek nagy része nem vétkes azért, mert a protestantizmusra tért át. Mindig szelíden és kedvesen szólt az emberekhez, soha nem használta az eretnek és eretnekség szavakat, ehelyett új tanokról és tanítókról beszélt. A katolikus egyház nehéz időszakában az egyház hitének megújítására törekedett. 1580-ban visszavonult, és a svájci Fribourgba ment, ahol a hithirdetésnek és az írásnak szentelte magát. Itt is halt meg.
Életének nagy részét kora legjelentősebb személyiségei mellett töltötte, hithirdetésével és írásai által is nagy hatást gyakorolt a hívek vallásos életére. Az Üdvözítő a béke, a szeretet és a kitartás hármas öltözetét adta neki, írta magáról. A Jézussal való mély és személyes barátság, amely személyiségének középpontja volt, a Szentírás, az Eucharisztia és az egyházatyák iránt érzett szeretetéből fakadt, amely szorosan összekapcsolódott küldetésével, vagyis az apostoli misszió folytatásával. Krisztus-központú lelkisége abból a mély meggyőződésből táplálkozott, hogy a tökéletességre vezető úton nem nyugodhat meg az a lélek, amely nem imádkozik napról napra. Nem fejlődik az a keresztény, aki nem vesz részt a vasárnapi szentmiséken, nem imádkozik napi rendszerességgel, és nincs személyes kapcsolata Istennel. Az élet minden napján időt kell találni Isten szavának meghallgatására és a vele való párbeszédre – hangsúlyozta XVI. Benedek pápa Canisius Szent Péterről szóló katekézisében.
