Magyarországra a rendszerváltozás után tért vissza véglegesen. Tevékeny közreműködésének köszönhetően épülhetett fel Budán a rend két közösségi háza, melyekben lehetőség nyílt az új magyar hivatások megfelelő szintű képzésére.
Baternay Ágota munkásságára két fő irány volt jellemző: lelkigyakorlatokat tartott elsősorban nők számára, illetve női személyiségfejlesztő tréningeket vezetett. 1994 óta a Sophia, a szerzetesnők teológiai főiskolája alapító igazgatója volt. Tevékenységének eredményeképpen ma közel száz szerzetes végezheti munkáját diplomásként. Haláláig foglalkozott akkreditálatlan teológiai kurzusok szervezésével, és vezetője volt az 1995-ben alakult Keresztény Női Felnőttképzési Egyesületnek (KNFE), amely 1993 óta Budapesten, a 90-es évek derekától pedig Erdélyben is sikeresen működtet önismereti programot nők számára.
Baternay Ágotát 2010-ben Kerkai-díjjal tüntették ki. Így vall róla Várszegi Asztrik bencés szerzetes, pannonhalmi főapát:
„Szomorkodunk, de nem úgy, mint akiknek nincs reményük. Isten adjon Ágotánknak most már örök békességet, teljes életet! Ezért imádkozom már napok óta, amióta több forrásából is tudtam állapotáról. Igen értékes testvérünk távozott személyében. Mi, a magyar katolikus egyház szerzetesrendjei hálás szeretettel köszönhetjük meg Istennek azt a szorgalmas, okos, előrelátó szolgálatot, amellyel Ágota nővér megajándékozott bennünket. Nagyon tiszteltem, szerettem őt, és értékeltem munkáját. Minden lépése fontos volt a nők, a szerzetesnők és közösségeink érdekében. Ezért is voltam magam mindig partnere, segítsége, ha arra szüksége volt munkájában.”
(Baternay Ágota temetéséről később intézkednek.)
SzSzT
