Néhány év múlva Portlandben megnyitotta bentlakásos leányiskoláját (ma Bayview College), amelyet testvéreivel közösen irányított. 1866-ban Julian Tenison-Woods plébános, akivel még Panolában ismerkedett meg, visszahívta a dél-ausztrál városba, hogy katolikus iskolát nyissanak. Ekkoriban érlelődött meg Maryben a szerzetesi hivatás gondolata, és még abban az évben fogadalmat tett a hozzá csatlakozó nőkkel együtt. A kis közösség Szent József nővéreinek nevezte magát. A gondviselésre hagyatkozó, egyszerű életvitelt követtek, és elsősorban gyermekek oktatásának szentelték életüket. Lelkiségükhöz szorosan hozzátartozott, hogy mindig oda mennek, ahol szükség van rájuk, ezért amikor Laurence Bonaventure Sheil püspök hívta őket, Mary és társai Adelaide-ben is iskolát nyitottak. 1869-ben a rendnek már több mint hetven tagja volt, és huszonegy intézményt működtettek, többek között árvaházat, javítóintézetet, veszélyeztetett nők, idősek, illetve haldoklók számára fenntartott otthonokat is. A nővérek egy része követte a mezőgazdasági vándormunkásokat és a vasútépítőket, mások pedig a bányászok településeit keresték fel a vadonban.
Sheil püspök megbetegedett, és anélkül hagyta el Adelaide-et, hogy világos rendelkezéseket hagyott volna a jövőre nézve. Emiatt megoszlott a helyi papság és a hívő közösség is, s a nézeteltérések odáig fajultak, hogy hadjáratot indítottak a József-nővérek ellen, illetve Maryt is súlyos támadások érték. Azt terjesztették, hogy alkoholista, hogy felelőtlenül költekezik, és a szerzetesi engedelmességi fogadalma megszegésével is vádolták. Valójában azonban bosszúból keltették rossz hírét, Mary ugyanis feljelentett az általános helynöknél egy adelaide-i plébánost, aki szexuálisan bántalmazott gyerekeket. A papot a helynök Írországba „száműzte”, ugyanakkor kiközösítette Maryt, akit ezután egy zsidó család fogadott be a házába.
A rend nem oszlott fel, de több intézményét be kellett zárnia. Sheil püspök a halálos ágyán utasította a helynököt, hogy vonja vissza a kiközösítést. Mary ezután Rómába utazott, és a közösség IX. Piusztól pápai jóváhagyást kapott. A rendnek még sokáig kellett ellenállással küzdenie, mégis egyre növekedett, és kiterjesztette szolgálatát Új-Zélandra is. Munkájukat számos nem katolikus család is támogatta. Mary MacKillop, aki 1909-ben bekövetkezett haláláig a közösség elöljárója volt, a szexuális bántalmazást elszenvedettek védőszentje.
