A fogadalomtétel után ápolónő lett Homonnán, majd a pozsonyi kórház radiológiai osztályán. A kommunista hatalomátvételt követően feloszlatták a szerzetesrendeket, de Zdenka továbbra is a kórházban dolgozhatott. 1952-ben segített elmenekülni egy beteg rab papnak, akit a kórházból Szibériába akartak vinni. Zdenka altatót adott az őrnek, és az éjszaka folyamán néhány ember segítségével a pap sikeresen megszökött. Az ügy vizsgálata során Zdenka is gyanúba keveredett. Egy munkatársa így emlékezett vissza rá: „Azt mondta nekem: »Tudom, hogy eljött az időm.«” Ennek ellenére néhány nappal később még további három papot és három kispapot próbált megszöktetni a kórházból, de leleplezték, és letartóztatták. Kegyetlenül megkínozták, meztelenre vetkőztetve összeverték. Tizenkét évre ítélték. Számos börtönt megjárt, mindvégig nagy alázattal fogadta a kínzásokat és a rossz bánásmódot.
A bántalmazások miatt maradandó sérüléseket szerzett. Egy nap kórházba szállították, de nem mondták meg neki, mi a baja. Megműtötték, és eltávolították a melleit. Amikor megtudta, hogy az onkológiai osztályon van, rájött, hogy azért kellett megoperálni, mert a verések miatt rákos daganatok keletkeztek a mellében. A kórházban reggeltől estig imádkozott. Egy ápoló utólag így idézte fel Zdenka alakját: „Amikor megkérdeztem tőle, kiért imádkozik ilyen buzgón, azt mondta: »Elsősorban azokért imádkozom, akik megkínoztak és megaláztak. Azt kérem az Úrtól, hogy lágyítsa meg a szívüket, hogy mással ne tegyék azt, amit velem.«” Élete végéig hirdette: „A megbocsátás a legnagyszerűbb dolog az életben.” 1955-ben betegsége miatt szabadon bocsátották. A félelem légkörében azonban sem pozsonyi anyaháza, sem a városi kórház nem fogadta be. Egy nagyszombati barátnője vette magához, és az ottani kórházban kapott egy ágyat, mielőtt 1955. július 31-én meghalt.
1970. április 6-án rehabilitálták, és II. János Pál pápa 2003-ban boldoggá avatta.
