A mai székhely, Szeged városa is csak a török kiűzése után került a püspökség fennhatósága alá, véglegesen pedig csak 1775-ben csatolták a Tisza-parti várost és környékét az egyházmegyéhez. A trianoni szerződéssel a csanádi püspökség területének több mint háromnegyed részét elveszítette – nagyobb része Romániához, kisebb része Jugoszláviához került, de még annál is kisebb terület maradt Magyarország határain belül. Glattfelder Gyula püspököt 1923 elején gyakorlatilag kitoloncolták a román hatóságok – így vált Szeged püspöki székhellyé egy csupán harminchárom plébániát számláló egyházmegyében.
Bár hosszú ideig remélték, Szeged csak ideiglenes központ lesz, Glattfelder Gyula nagyszabású építkezésbe kezdett. 1930-ra felépült a Fogadalmi templom és a püspöki palota. A város vezetői és a hívek támogatásával pedig Szeged a két világháború közötti katolikus egyházi élet fontos helyszínévé vált.
Újabb nagy területi változást 1952 hozott, amikor a Szentszék kinevezte a csanádi püspököt a nagyváradi püspökség Magyarországon maradt részének kormányzójává, bár hivatalosan csupán 1982. augusztus 5-én vált egygyé a két csonkán maradt püspökség. Ettől kezdve nevezik szeged-csanádi egyházmegyének, amely mai formáját az 1993-as határrendezés során nyerte el.
Természetesen a történelmi változásokkal szorosan összefonódott a püspökség muzeális kincseinek sorsa. A középkori emlékek szinte teljesen elvesztek a török uralom alatt, ugyanakkor a ferencesek, akiket a hódítók megtűrtek, több műkincset megmentettek. A püspökség összegyűjtött egyházi kincsei azonban Temesváron maradtak, amikor Glattfelder Gyula Szegedre kényszerült, hiszen csak személyes holmijait hozhatta magával. A két világháború között mégis jelentős egyházi gyűjteménye volt a városnak, amelyet a XIV. század óta Szegeden élő ferences atyák hoztak létre alsóvárosi kolostorukban. 1945 után aztán évtizedekig lehetetlenné vált bármilyen egyházmegyei múzeum megvalósítása, bár a hetvenes évektől szó volt róla, többek között Bálint Sándor is szorgalmazta. Végül a rendszerváltás után, az egyházi ingatlanok visszaadásával nyílt lehetőség az Egyházmegyei Múzeum és Kincstár létrehozására a dóm mellett, amelyet 1995. június 29-én nyitott meg Gyulay Endre püspök.
A Kiss-Rigó László megyés püspök vezetése alatt álló múzeum anyaga Békés és Csongrád megye területéről származik, hiszen a püspökség nagyjából e megyék határain belül működik. Legrégebbi darabjait a ferencesek mentették meg az utókornak – így lehetséges, hogy a kiállítás több, XV. századi miseruhával és ötvösmunkával is büszkélkedhet. Az egyik, úgynevezett Mátyás-miseruhához legenda is kötődik, amely szerint mikor Mátyás király látta a neki miséző ferencesek szegénységét, otthagyta a barátoknál palástját, hogy miseruhát készítsenek belőle.
A múzeum gazdag ötvösgyűjteményében – amelynek minden darabja értékes szakrális műkincs – néhány igazán különleges tárgy is található, amelyek származásukat tekintve is kiemelt kultúrtörténeti jelentőséggel bírnak. Ilyen például az Augsburban készített XVIII. századi feszület, a Moszkvából származó monstrancia, vagy a Prandtner József műhelyéből kikerült darabok.
A kiállítás érdekes része az a körülbelül ötven darabból álló éremgyűjtemény, amely Udvardy József püspök hagyatékából származik, aki nemcsak gyűjtött, de készíttetett is emlékplaketteket.
A kiállítás rendezői tudatosan nem választották szét a főúri alapítású vagy jómódú városok plébániáiról származó tárgyakat – amelyeket sokszor Pestről, Budáról vagy Bécsből rendeltek -, illetve a szegényebb templomokból, a népi vallásosságot tükröző alkotásokat, hiszen ezek együtt, egymást kiegészítve mutatják be a terület lakosainak vallásos életét. A stílusbeli különbségek leginkább a szobrokon érzékelhetőek, amelyek között ott találjuk a volt Szent Dömötör-templom Bécsben készült oltárszobrait és a ferences barátok faragta naiv, mégis magával ragadó szentábrázolásokat. Bár a múzeum csupán egy teremből áll, s bár vannak műkincsek, amelyek egyelőre raktárban pihennek, a kiállítás teljes képet nyújt az egyházmegye vallás- és kultúrtörténetéről. Ahogyan Zombori István a püspökségről és a kiállításról szóló munkájában megfogalmazta: „Ez a múzeum azt mutatja be, hogy egy nép, egy ország több mint ezeréves története során mennyire hitt Istenben, és a jó vagy rossz körülmények között milyen módon fejezte ki hitét a Mindenható iránt.”
