Diákkorában több társával ellentétben nem foglalkozott komolyabban a reformáció kérdéseivel. Jogot tanult Orléans-ban, Bourges-ban és végül Párizsban. 1533–34-ben azonban egyre mélyebben kezdett foglalkozni a korában vitatott teológiai kérdésekkel, jóllehet nem volt teológus vagy egyházi személy. A svájci Baselbe vonult vissza, ahol 1536 márciusában kiadta katekizmusát, Institutio christianae religionis (A keresztény vallás rendszere) címmel. Ez volt fő műve, amelyet egész életében bővített, javított. 1536-ban Párizsból Strasbourgba akart utazni, de I. Ferenc francia király és V. Károly német-római császár háborús összetűzése miatt útját megszakítva Genfbe kellett kitérnie, ahol korábban Guillaume Farel volt a reformáció sikeres prédikátora. Meghívására Kálvin két évig maradt először Genfben, aztán Strasbourgba ment, ahonnan vitairatot írt levélformában a városi tanács nevében a genfi katolikus püspöknek. 1541-ben visszatért Genfbe. Kálvin nevéről sokaknak a szigorú értelemben vett eleve elrendelés (predestináció) jut eszébe, amely szerint Isten minden embert eleve üdvösségre vagy kárhozatra ítélt, és eszerint alakítja sorsát. E felfogás értelmében a szabad akarat a bűnbeesés miatt annyira meggyengült, hogy nem tud szembeszállni a bűnnel. Max Weber nyomán Kálvint a modern kapitalizmus úttörőjének tartjuk. De él az aszketikus despota reformátor képe is, aki Genfben meg akarta valósítani „Isten városát”. Valójában a holland egyháztörténész, Herman J. Selderhuis jár legközelebb az igazsághoz, aki Die Tyrannei der Tugend (Az erény diktatúrája) című új könyvében saját kora gyermekeként mutatja be Kálvint, aki Genfben teológus, prédikátor, egyházi vezető volt, s kora felfogása szerint természetesnek tartotta, hogy az egyházi fegyelemnek kell meghatároznia az egész város polgárságának életrendjét. Kálvinnak fontos szerepe volt a francia irodalmi nyelv kialakulásában is. Munkaszemlélete a korabeli, fejlődő polgári erkölcs fontos eleme lett, új szempontokkal gazdagítva a keresztény gondolkodást. Teológiája mindenben a Bibliából indult ki, mégis azt hirdette, hogy a kereszténység középpontjában nem a Biblia, hanem Krisztus áll. A Könyv csak eszköz, amelynek segítségével juthatunk el a Krisztussal való találkozásra.
