Miközben viharos felhők gyűltek a magyar társadalom fölött, püspökként egyedül Meszlényi Zoltán maradt az Esztergomi főegyházmegyében, hiszen Mindszenty bíboros 1948. december 26-ától börtönben volt. A sötétség órája volt ez, amikor a karácsonyi öröm hirtelen a félelem és gyötrelem valóságává vált. Még a bíboros elfogatása előtt az esztergomi utcáról hurcolták el Zakar András prímási titkárt.
Az állami szervek évek óta gyűjtöttek adatokat a prímásról és környezetéről, köztük Meszlényi segédpüspökről is. A rosszindulatú, az ügynökök szájába adott és ismételt vádak azonban sehogyan nem álltak össze. Különböző irányokban próbálkozott a hatalom, a legsúlyosabb az államellenes, demokráciaellenes magatartás bizonyítása lett volna. Egy Abonyi fedőnevű ügynöktől származó jelentés szerint 1948. április 27-én a püspök megállapította, hogy akinek egy kis józan esze van, nem hihet semmiféle közeli háborúban vagy erőszakos változásban. A demokratikus rendszerbe bele kell nyugodni. Az ügynök megkérdezte, mit szól ahhoz a püspök, hogy a protestáns egyházak a demokrácia mellett nyilatkoztak. Meszlényi szerint az álláspontjuk nekik sem változott, ez a katolikus egyházéval azonos. Az egyház és a demokrácia közti megbékélésről azt tartotta, hogy az eddigi tárgyalások erőszakoltak voltak, amihez az egyháznak semmi köze nincs. Azért is, mert olyan egyoldalú felvetésekkel állnak elő, amelyeket az egyház semmi körülmények között sem fogadhat el.
Az új alkotmányról Meszlényi 1949. augusztus 17-én elmondta: az újabb merénylet az egyház, és főleg az Esztergomi főegyházmegye ellen. A törvénybe iktatás után még nehezebb napok jönnek az egyházmegyére, mivel a főkáptalantól minden anyagi támogatást megvontak. Az alkotmányra való hűségesküvel kapcsolatban pedig kijelentette, hogy ő az esküt elvből nem fogja letenni.
Az egyik ügynök jelentésében szerepel, hogy Meszlényi a Horthy-rendszerben is kitartott legitimista álláspontja mellett, 1945 után ilyen irányú tevékenységéről viszont nincs adat. A másik ügynök szerint a népi demokrácia irányzata távol áll tőle – ezt azonban semmivel nem tudta alátámasztani. Sőt megállapította, hogy a Horthy-rendszerben az állami törvények és előírások iránt soha különösebb tisztelettel nem viseltetett. Ennek egyszer kifejezését is adta, ami a kormányköröknek hamar tudomására jutott. Az ügynök megállapította, hogy emiatt nem lett Meszlényi Zoltánból megyés püspök, pedig Serédi hercegprímás szorgalmazta volna kinevezését. Az egyház és a „demokratikus állam” közötti tárgyalásokkal kapcsolatosan a püspöknek az volt a véleménye, hogy az egyháznak csupán az emberi szabadságjogok tiszteletben tartásáról lehet tárgyalnia, és ebben meg lehet egyezni – de nem szabad hagyni, hogy csak a párt szempontjai érvényesüljenek. A tárgyalások kellős közepén – még helynöki megválasztása előtt, 1950. június 15-én – kijelentette: Mit érünk az ideiglenes engedményekkel, ha olyan megállapodást írunk alá, mely csorbítja az egyház tekintélyét? – Az ügynök szerint Meszlényi igen bizalmasan közölte, hogy a külföldi követségeknek memorandumot nyújtanak át, melyben megírják, hogy állampolgárokat, csak azért, mert papok, közönséges bűnözőkként hurcolnak el. Ez ellen az lenne az egyetlen eredményes módszer, ha a hívek tömegesen tiltakoznának az intézkedések ellen, a vallásszabadság nevében. A megegyezés kétélű fegyver, mert a kormány nem tartaná be, csak az egyház tekintélye csorbulna.
Államellenes összeesküvés címen semmit nem lehetett felhozni a püspök ellen, ekkor a népellenesség vádját vették elő. A földbirtokok államosítása után a püspök kijelentette, hogy sem a püspöki kar, sem a prímás Rómától nem kapott felhatalmazást arra, hogy az egyházi vagyon kártérítés nélküli elvételébe beleegyezzék. Az igaz, hogy a prímás és más püspökök Isten áldását kívánták az új földhöz juttatottaknak, de ezt nem lehet úgy magyarázni, hogy az állammal szemben lemondtak volna az elvett vagyon kártérítéséről: az egyház intézményeinek fenntartásához erre a jövedelemre szükség volt. Ugyanakkor azokról az iskolákról és intézményekről sem lehet lemondani, amelyeket az egyház célkitűzésére alapítottak. A szerzetesek elhurcolása idején Meszlényi nem helyeselte, hogy az egyes rendfőnökök tárgyalnak a kormányzati tényezőkkel: az egyház szilárd egységének köszönheti ugyanis, hogy nincs a jelenleginél is rosszabb helyzetben. Tudott arról is, hogy Czapik Gyula egri érsek járt a kultusz- és a belügyminisztériumban a szerzetesek ügyében. Ezzel kapcsolatosan kijelentette: mindent el fognak követni a szerzetesek kitelepítésének megszüntetésére, még ha áldozatokba kerül is. Meszlényi józanul ítélte meg a helyzetet. Meszlényi püspököt mindenképpen el akarták ítélni, de megfelelő vádat sehogyan sem sikerült „összehozni”. Nem lehetett tárgyalást rendezni ügyében – mert nem volt tárgya, nem volt ügy. Káptalani helynökké – az egyházmegye ideiglenes vezetőjévé – választása után (hiszen Mindszenty bíboros már másfél éve börtönben volt), 1950 június-júliusának fordulóján püspöki palotájának kertjében délután, a szokásos uzsonna elfogyasztása idején törtek rá, és hurcolták el.
Kistarcsára internálták, ahol éjjel-nappal, télen és nyáron nyitott ablaknál kellett tartózkodnia. Egy szalézi szerzetes pap kiszabadulása után elmondta: találkozott Meszlényi Zoltánnal, aki rossz testi-lelki állapotban volt, mégis ő ismert rá a papra, és még a pulóverét is nekiadta. Nincs még egységes álláspont halálának dátumát illetően. Az 1953-as adat valószínűleg az utólagos anyakönyvezés elrendelése után keletkezhetett. Feltűnő azonban, hogy míg a többieknél mindenhol feltüntették az anya nevét is, nála ez üresen maradt. Talán mert (már) nem volt adatuk róla. Elképzelhetőnek tartom, hogy egy 1951-es bejegyzés szól Meszlényiről. Egy április 11-én kelt feljegyzésben név szerint felsorolják, kik haltak meg. Csillag György ávós főhadnagy aláírásával jelentette, hogy Radó orvos őrnagy március 5-én egy férfit vitt a Mosonyi utcai kórházba, aki már a mentőautóban meghalt. Miközben minden elhunytat név szerint említenek meg, a mentőautóban elhunyt nevét nem jegyezték be. Valószínűleg tehát Meszlényi Zoltán lehetett e „névtelen”. Az 1951-1952-ben elhunytakat név szerint közlik, de mivel ezek között már nem található, ezért az 1951. március 5-i bejegyzés a mentőautóban elhunyt férfiről őt jelölheti. Egyébként más adat is az 1951. március 4-i halált erősíti meg. A mártíromságot vállaló püspök élete, a diktatúra idejében meg nem alkuvó személyisége méltó arra, hogy a jövő nemzedékének példaképe legyen.
A szerző történész