A fogadási ünnepség után 16.35-kor a légibázison magántalálkozóra kerül sor a pápa és a portugál államfő között. 16.55-kor a szentatya megtekinti az ott található kápolnát, majd 17.15-kor helikopteren a fatimai stadionba repül. Innen nyitott autóval a kegyhelyre hajt. 18.15-kor látogatást tesz a jelenési kápolnában, ahol imádkozik. 21.30-kor megáldja a kápolna gyertyáit, és köszönti az egybegyűlteket, majd elimádkozza a rózsafüzért.
Másnap, május 13-án, szombaton reggel 9.10 órakor Ferenc pápa találkozik a portugál miniszterelnökkel a Kármelhegyi Miasszonyunk-házban. 9.40-kor látogatást tesz a fatimai Rózsafüzér-bazilikában, 10 órakor szentmisét mutat be a szentély emelvényén, majd üdvözli a betegeket. Délután fél egykor a portugál püspökökkel ebédel a Kármelhegyi Miasszonyunk-házban.
14.45-kor a Monte Real-i légibázison elbúcsúztatják a szentatyát, aki helyi idő szerint várhatóan este 7 órakor érkezik meg Rómába.