Mély jámborság, erényesség és felebaráti szeretet jellemezte. A Szentírás tanulmányozása volt a legkedvesebb foglalatossága. A római egyház hithirdetőivel folytatott beszélgetései során arra a belátásra jutott, hogy a katolikus egyház az apostoli utódlás folytán valóban a Krisztus által alapított egyház jogutódja. Egyelőre azonban még nem mert nyíltan szakítani az örmény közösséggel, próbálta a két egyház tanítását magában összeegyeztetni. Például mindig ürügyet keresett arra, hogy elhagyhassa a templomot, amikor a liturgiában ünnepélyes átkot énekeltek a kalkedoni zsinat ellen. Hosszabb távon azonban ez nem volt megoldás. Gomidasz ezért végül lemondott papi tisztségeiről, és jeruzsálemi zarándoklatra indult.
Visszatérése után nyíltan prédikált az egység érdekében, s az Újszövetség alapján rámutatott arra, hogy csak egy egyház van. Konstantinápoly új örmény pátriárkája, Avedik azonban semmiféle eszköztől nem riadt viszsza, hogy megállítsa a mind nagyobb katolizációs hullámot. Gomidasznak el kellett rejtőznie. Ezt az időt arra használta fel, hogy az Apostolok cselekedeteit versekbe szedje; munkája 1704-ben jelent meg nyomtatásban. A zsarnok Avedikot kilenc hónap múltán letaszították pátriárkai székéből, a béke azonban nem állt helyre. Pátriárkák váltották egymást, és súlyos hatalmi harcok alakultak ki. Avediknek is sikerült 1704 decemberétől 1706 februárjáig visszaszereznie tisztségét. Ráadásul a konstantinápolyi vezír, Ali pasa sem mutatott jóindulatot a franciák vagy a keresztények iránt (a katolikus hithirdetők mindenekelőtt franciák voltak).
Gomidaszt Avedik hívei bíróság elé hurcolták, barátai azonban kiváltották. Ám mivel az új pátriárka, János szemében is szálka volt, az embereivel 1707. november 2-áról 3-ára virradó éjjel elragadta családja köréből, és mint lázadót a vezír elé vitte. Halálra ítélték. A menekülés utolsó útja az lett volna, ha elfogadja a muszlim hitet. Ám Gomidasz rendíthetetlen maradt.
