Arra kérte szüleit, hogy három évig otthon, az imának és a szemlélődésnek élhessen. Később az alcalái egyetemen művészeti tanulmányokat folytatott, majd három éven át teológiát tanult. Szülei időközben meghaltak, és tekintélyes vagyont hagytak rá. Amikor pappá szentelték, örökségét szétosztotta a szegények között. Hithirdető akart lenni Amerikában, de erről a tervéről – szintén származása miatt – le kellett mondania.
Sevilla érsekének megbízásából mint prédikátor és népmisszionárius kilenc éven át járta Andalúziát. Rengetegen megtértek a hatására, a leghíresebb közülük a későbbi Istenes Szent János volt. Barátai közé tartozott Loyolai Szent Ignác, Alcantarai Szent Péter és Avilai Szent Teréz is.
Felekezeti szempontból rendkívül nyitott volt, foglalkozott például Rotterdami Erasmus írásaival, és nagy hatással voltak rá a lutheri tanok. Gyakran ostorozta a gazdagokat és hatalmasokat, amivel sok ellenséget szerzett magának.
Mint veszedelmes újítót bepanaszolták az inkvizíciónál, és fogságba vetették. 1532-ben huszonkét vádpont ellen kellett védekeznie. Meggyőződése volt például, hogy az eretnekekként elégetett emberek vértanúk, ha úgy gondolták, hogy helyes úton járnak. Azt is gyakran hangoztatta, hogy többet ér jótékonykodni, mint csupán miséket mondatni. A következő évben szabadon engedték, de figyelmeztették, hogy legyen óvatosabb. Könyvét, az Audi filiát pedig betiltotta az inkvizíció.
Rendkívül szerteágazó tevékenységet folytatott: új öntözési eljárást talált fel, tizenöt középiskolát alapított, és felkarolta sorstársait, a megtért zsidó származásúakat. Több tanítványát küldte Granadába az iszlámról keresztény hitre tértek megsegítésére. Loyolai Ignáccal kötött barátsága miatt fontolgatta, hogy tanítványaival együtt belép a jezsuita rendbe, ám Andalúzia akkori provinciálisa, Bustamente ellenezte belépését.