Az elhunytat lakóhelyén, a bajorországi Pöcking Szent Ulrich-templomában ravatalozták fel először, közben folyamatos szentségimádást tartottak. Münchenben, a Theatiner-templomban is felravatalozták két napra. Itt 11-én Reinhard Marx bíboros érsek mutatott be gyászmisét. Mariazellben július 12-én tavaly elhunyt felesége szarkofágjával együtt ravatalozták fel Habsburg Ottót, majd 13-án Kapellari grazi püspök mutatott be érte rekviemet.
A bécsi Szent István-dómban 16-án bemutatott temetési mise után az elhunytat a bécsi kapucinusok kriptájában helyezték nyugalomra.
XVI. Benedek felkérte Christoph Schönborn bécsi bíboros érseket, hogy képviselje Habsburg Ottó temetésén. A bíboros államtitkár július 6-án elmondta: a szentatya azt szeretné, hogy képviselője biztosítsa az elhunyt hozzátartozóit és a gyászolók közösségét imádságos közelségéről. XVI. Benedek részvéttáviratot is küldött a gyászoló családnak, jelentette július 9-én Eva Demmerle, a család szóvivője. Az AFP szerint a pápa „a békéért elkötelezett nagy európainak” nevezi az elhunytat a táviratban: „Hosszú és gazdag élete során Ottó főherceg Európa mozgalmas történetének tanúja lett”, írja a szentatya.
Budapesten a Szent István-bazilikában, több magyar főpásztorral koncelebrálva mutat be szentmisét július 17-én Paskai László bíboros.
Habsburg Ottó végakarata az volt, hogy szívét a pannonhalmi főapátság kriptájába helyezzék. E kérése nem a hagyományokat követi, hanem a magyar bencésekhez fűződő kapcsolata fejeződik ki benne. Zita királyné ugyanis férje halála után két évvel Madeira szigetéről a spanyolországi Lequetitióba költözött át hét gyermekével. Ottó 1930-ban ott érettségizett kitüntetéssel. Ezekben az években pannonhalmi bencés tanárok tanították magyarra és voltak házi tanárai. Amikor 1990-ben először jöhetett Magyarországra, első útja Pannonhalmára vezetett. Július 17-én, ökumenikus vesperás keretében lesz Pannonhalmán a szív urnájának elhelyezése Várszegi Asztrik főapát és Fabiny Tamás evangélikus püspök közreműködésével. Az eseményen részt vesz Schweitzer József nyugalmazott főrabbi is.