Margit testvér a II. világháború idején mindent megtett a fajelméleti újpogányság terjedésével szemben. 1940. november 8-án a Keresztény Női Tábor nevében beadványt írt a munkaszolgálatosok érdekében. 1941 telén a kőrösmezei deportálás ellen tiltakozott, 1942 tavaszán pedig, amikor a szlovákiai deportálásokról befutottak az első hírek a katolikus konvertiták által 1939-ben létrehozott Magyar Szent Kereszt Egyesülethez, amelynek társelnöke volt, személyesen győződött meg a tragikus helyzetről. 1942-től az egész országban úgynevezett világnézeti kurzusokat szervezett, hogy a keresztény értékrend közvetítésével ellensúlyozza a hitleri propagandát. Számtalan petíciót, feliratot, közbenjárást írt és terjesztett a hatóságok elé. Miután 1943. február 8-án Szlovákia bejelentette a teljes „zsidótlanítást”, Rómába utazott, és 1943. március 11-ére sikerült pápai kihallgatást kieszközölnie. Ennek eredményeként XII. Piusz pápa arra utasította a hét szlovákiai püspököt, hogy tiltakozzanak az államelnöknél és a minisztereknél, valamint elrendelte, hogy Szlovákia összes templomában tiltakozó pásztorlevelet olvassanak fel. Mindezeknek köszönhetően a deportálás elmaradt. Keresztény hite, humánuma az életveszélyt is vállaló embermentő munkára sarkallta Margitot. A szociális testvérek mintegy ezer zsidót mentettek meg. Ennek a munkának lett a vértanúja Salkaházi Sára.
Slachta Margit 1945 elején a Polgári Demokrata Párt képviselőjeként visszatért a közéletbe. Az 1945. évi nemzetgyűlésben a határokon kívül rekedt magyarság és a kis nemzetek jogairól, a családi életről és a nemzet erkölcsösségének védelméről is gyakran szólt. A politikai élet balra csúszásával politikusként mind jobban ellehetetlenült. 1947. október 28-án mondott beszédét külpolitikai érdekeket sértőnek minősítették, mert bírálta a Szovjetuniót és Jugoszláviát. Emiatt október 30-án hatvan napra kizárták az országgyűlésből. Az 1947- es választásokon már a Keresztény Női Tábor programjával jutott mandátumhoz.
1945 és 1948 közötti parlamenti felszólalásai többségükben a jogelviség, a jogbiztonság és a jogrend kérdéseivel foglalkoznak. Ezek biztosítását csak a Szent István-i államrend fennmaradásában látta lehetségesnek. Ezért emelt szót az 1946. január 31-én elfogadott köztársasági törvény ellen. Az államforma eldöntését – Mindszenty József hercegprímáshoz hasonlóan – népszavazásra bízta volna. 1946-ban sürgette a diplomáciai kapcsolatok helyreállítását a Vatikánnal. 1947-ben a vallási nevelésért emelt szót. 1948. június 16-án mondott beszédében szenvedélyesen ellenezte az egyházi iskolákat államosító törvényjavaslatot. Miután a képviselők mégis törvényre emelték az iskolák államosítását, az ülést bezáró Himnusz éneklésekor tüntetően ülve maradt. Ezért a mentelmi bizottság kétszer hat hónapra kizárta a törvényhozásból.
1949 januárjától a domonkos nővérek zárdájában rejtőzött, mert letartóztatástól tartott. Még beadta indulási kérelmét az 1949. évi választásokon, de azt az illetékesek elutasították. A választás napján, május 15-én megjelent az urnáknál, kockára téve személyes szabadságát. 1949. június 22-éről 23-ára virradó éjjel két szociális testvérrel együtt Ausztriába, s onnan szeptember 16-án álnéven az Amerikai Egyesült Államokba távozott. 1952-ig Amerikában és Európában, a Szabad Európa Rádiónál igyekezett minden követ megmozgatni a vasfüggöny mögött élők érdekében.
A visszatérés szándékával ment el, de soha többé nem jöhetett már Magyarországra. Húsz éven át Buffalóban élt, 1974. január 6-án halt meg. Az általa alapított rend ma hazánk egyik legnagyobb női szerzetesközössége.
