A második világháború alatt nem csupán a szemináriumi elöljárók maradtak a kispapokkal, hanem gyakran megfordult körükben Meszlényi Zoltán is. Ezért nem csoda, hogy az új főpásztor, Mindszenty József rá bízta az esztergomi Hittudományi Főiskola igazgatóságát.
Az esztergomi szeminárium növendékeinek különféle élményei voltak ezekben az időkben. Az ősrégi szeminárium pompás épületében jól érezték magukat a kispapok. Nem csupán a kényelmes termek, a kápolna szépsége nyűgözte le őket, hanem az épület csodaszép környezete is. Gyönyörű kilátás nyílt a Dunára, a kertben korcsolya-, kugli- és teniszpálya állt a kispapok rendelkezésére, de ha kedvük tartotta, evezhettek a Dunán, hiszen három kétevezős csónakja is volt a szemináriumnak. (Ezeket a megszálló csapatok elvitték.)
Meszlényi Zoltánnak az esztergomi szemináriumi élményeiről fennmaradtak sorai. „A Gondviselés különös kegyének tartottam mindig, hogy Esztergomban ölthettem magamra a papi ruhát, és hogy növendéke lehettem a mi ősrégi szemináriumunknak. Mikor bevonultam a szeminárium falai közé, különös lelki megilletődéssel jártam folyosóit, s ez a megilletődés napról napra mélyült lelkemben. Voltak ennek könnyen érthető okai is: az elhagyott világ zajának és a szeminárium csendjének ellentéte, a teljesen megváltozott környezet, a lelki élet hatékonyabb művelése, az elöljárók leereszkedő szeretetreméltósága és hasonló benyomások, melyek – mondhatnám – kikerülhetetlenül hatalmukba ejtik az új papnövendéket, bárhol kezdi meg pályáját. De itt, Esztergomban ezen túlmenőleg hatott rám még valami, amit nem könnyen tudok ma papíron visszaadni. Később, mikor érett ésszel megfordultam a világ nagy városaiban, nehezen kifejezhető megilletődéssel jártam mindenütt, ahol akár a régi történelmi korok, akár a mai világ szellemi vagy anyagi központjaira akadtam. Így jártam Rómában, a pápák avignoni kastélyában, a granadai Alhambrában és az Escorialban. A nagyvonalúság hatott rám és illette meg lelkemet.
Sokfelé megfordultam, de ha hazajöttem, mindig vonzóbbnak láttam a magyar prímás székhelyét és annak történelmi levegőjét. Ha az immár lassan tűnő nemzedék nevében tanácsot adhatnék az Alma Mater mai növendékeinek, azt kérném tőlük, hogy ébresztgessék és ápolják magukban Esztergom szeretetét, és fürösszék lelküket sokat abban a történelmi légkörben, melyben itt élhetünk.”
1947-ben Bognár Elek színművész, mint a Központi Papnövendék Intézet szónoklattantanára felajánlotta, hogy szívesen tart három-négy napos tanfolyamot a többi szemináriumban is, így a Meszlényi Zoltán vezetése alatt működő esztergomi intézetben is. Azért teszi ezt, hogy jó fellépésű, modorosságtól mentes, tiszta, nyugodt és érthető legyen a kikerülő papság szónoklata. Mindössze 12-14 óra lenne, ahol rövid szónoklatok, szavalatok hangzanak el, és többször is sorra kerülnek a növendékek. Ezenkívül megtanítja a kispapokat a műkedvelő színjátszás és az ünnepélyek rendezésének szabályaira is. Kalocsán, Pécsett, Fehérvárott a szemináriumokban nagy lelkesedéssel fogadták. Meszlényi azt válaszolta: elvben elfogadja, hogy a tél folyamán meglegyen, de ehhez az esztergomi szeminárium rektorának a hozzájárulása is szükséges. A levelet elküldte a rektorhoz, aki majd a honoráriumot is kifizeti. Így történt, hogy Bognár Elek színművész 1947. december 27-étől 30-ig napi négy órát tartott a szeminaristáknak.
Az Érseki Hittudományi Főiskola prodirectorként, Mindszenty József hercegprímás felhívására, 1948-ban tervezetet dolgozott ki, az egyházmegye szolgálatában alkalmazandó szerzetesek és apácák részére tartandó kurzushoz.
A szeminaristák közül ketten feljártak a prímási palotába a hercegprímás szentmiséjére ministrálni. Major Sándor és Berkes Mátyás 1948 karácsonyának első napján is ezt tették. Szentmise után elköszöntek a főpásztortól, és amikor lefelé indultak a lépcsőn, Mindszenty József még utánuk szólt: „Fiaim, ne felejtsétek el, hogy ezekkel nem lehet alkudni.” Ebben a mondatban az is benne volt, hogy a főpásztor kész életét is feláldozni. A vértanúság lehetősége a levegőben lógott.
