Az ügy elaludhatott, mert 1958 és 1962 között semmi nem történt. 1962 júniusában Hamvas Endre püspök, mint a püspöki kar elnöke írt Schwarz-Eggenhofer Artúrnak, aki ekkor apostoli adminisztrátor volt, hogy ismét foglalkozik Meszlényi Zoltán püspök exhumálásával, hiszen most már semmiféle törvényi akadályt nem lát. Így fogalmazott: „Püspökhöz nem méltó, hogy jeltelen sírban, elítéltek közt nyugodjék elfeledve. Mint volt iskolatárs és jó barát is szeretném neki a végtisztességet megadni. Természetesen nem tüntetésszerű szertartásra gondolok”.Schwarz-Eggenhofer Artúr 1965. április 30-án Tóth Kálmán protonotárius, kanonok, nagyprépost helyettesnek levélben jelezte, hogy az exhumálás és a temetés a végső formalitásokhoz érkezett. Kérte, hogy a főkáptalan forduljon a Budapesti Főügyészséghez, hogy az mindezt engedélyezze, illetve hogy a káptalan igyekezzék egy fülkét elkészíttetni az esztergomi bazilika kriptájában. Október 19-én az apostoli adminisztrátor megbízta Etter Kálmán ügyvédet, hogy járjon el a formaságok ügyében.
Meszlényi Mihály plébános jelezte a Budapesti Temetkezési Vállalatnál, hogy az exhumálás 1966. június 22-én, szerdán, délelőtt 9.30 órakor lesz a rákoskeresztúri új köztemetőben, ahol jelen lesz személyesen, és másnap egyszerű koporsóban történik majd a szállítás. Bizonytalan, mikorra várható az érkezés Esztergomba: reggel 8 óra és délután 5 óra között bármikor, ezért kéri, hogy legyen valaki a bazilikában, aki átveszi a koporsót. A holttest elhelyezése a kriptában június 24-én, pénteken délelőtt 10 órakor történjék. Az 1966. június 15-én kelt engedélyezés a halotti anyakönyvi kivonat alábbi szövegével érkezett: „a temetés ideje: 1951. III. 10. A halott neve: dr. Meszlényi Zoltán. Kora: 60. é. A halál ideje III. 4. 249-3. 42. Nyughelye: /olvashatatlan/.” A X. kerületi Tanács Végrehajtó Bizottsága, Budapest, mint első közegészségügyi hatóság megengedi, hogy Meszlényi Zoltánt, aki 1951. III. 4. napján /olvashatatlan…/ betegségben elhalt exhumálják, és Esztergomba szállítsák.
1966. június 22-én tehát végre exhumálták Meszlényi Zoltán testét; jelen volt Meszlényi Antal kanonok, a főkáptalan képviseletében, Meszlényi Mihály plébános, Szabó József Sörház-utcai lelkész, Esty Miklós a Szent István Társulat alelnöke, Héderváry János a megboldogult sógora és Meszlényi Kornél özvegye. Ők délelőtt 9.30 órakor a sírt félig kiföldelve találták. A sírásók már a jelenlétükben folytatták a munkát. Rövidesen előkerült a koponya, majd a kar- és lábszárcsontok, a medence- és egyéb apró csontmaradványok. Meszlényi Antal kérésére tovább ástak, így megtalálták az állkapcsot s vele együtt egy tenyérnyi nagyságú teljesen ép szövetdarabot, ami a püspökkel eltemetett kabát maradványa lehetett. A maradványokat a sírásók a magukkal hozott kisebb koporsóba helyezték, majd ráhelyezték a belső és a külső fedelet, végül az egészet csavarokkal lezárva elszállította a gépkocsi a temető vizsgálati helyére. Ott a kirendelt orvos vizsgálata után leplombálták a belső fedelet, hogy másnap így szállítsák Esztergomba.
Az említett leletekkel kapcsolatban mindenkinek az volt a véleménye, hogy azok a püspök földi maradványai. Ezt bizonyította a koponya formája, a megmaradt haj, illetve az állkapocs is, amely két fogat tartalmaz. Bartl Lőrinc beszélt a megboldogult inasával, és ő mondta neki, hogy gazdája protézist hordott, mivel csak két foga maradt meg. Meszlényi Mihály közlése szerint volt egy temetőőr, aki jelen volt az 1951-es elföldelésnél. Ő mondta el, hogy a püspök azért kerülhetett különálló sírba, mert nem volt elítélve. A szövet fekete színe és kabátszerűsége is arra utalt, hogy az a püspöké, mert a sírásók szerint csak a tömegsírba kerülteket temették rabruhában, míg az el nem ítélteket saját ruhájukban földelték el. Továbbá felszínre került néhány farostlemez darab, az ötvenes években ebből készültek a koporsók, amit szintén csak a külön sírba temetettek kaptak. Meszlényi Zoltán sírját a fent említett temetőőr gondozta, sőt még keresztfát is állíttatott föléje a szokásos emblémával s ezzel a felirattal: „Itt nyugszik Meszlényi Zoltán 1892-1951”. Amikor Meszlényi Mihály ki akarta fizetni a fejfa árát, nem fogadta el, mondván: a püspök úr iránti tiszteletből, kegyeletből tette, amit tett. 1966. június 23-án délelőtt 11 óra körül érkezett meg a koporsó az esztergomi bazilikába. Itt Kőpataki János sekrestyés vette át a szállítóktól, majd levitette a kriptába és Szent Mihály lovára tétette. Bessenyői Zoltán teológiai tanár kérésére Bajcsy Lajos kispap készítette el a feliratot a deszkakoporsóra, amelybe fémkazettába zárt Meszlényi csontokat behelyezték.
A temetést Szabó Imre esztergomi püspök végezte másnap délelőtt. A Bakócz-kápolnában bemutatott szentmise után lent a kriptában zajlott a temetési szertartás. A rendelkezésnek megfelelően csendben történt az egész, a kormányzó Schwarz-Eggenhofer Artúr vezetésével csupán a káptalani tagok vettek részt rajta, valalmint néhány esztergomi pap, kispapjai, illetve azok a hivők, akik éppen akkor a bazilikában tartózkodtak. Szabó Imre püspök ezt írta a temetésről: „Minden nagyobb pompát mellőztünk, harangozás és a bazilikában való felravatalozás nélkül, egyszerű körülmények közt történt meg a temetés”. Meszlényi Antal 1966. június 28-án jelentést tett Meszlényi Zoltán exhumálásáról és temetéséről. Eszerint március 10-én temették el az új köztemető 249-es parcella, 3. sorában, a 42-es sírhelyen. Szabadságát 1950. június 29-én vesztette el, s mindössze nyolc hónapig volt őrizetben, hiszen 1951. március 4-én elhunyt. Meszlényi Zoltán halála után tizenöt évnek kellett eltelnie ahhoz, hogy az őt megillető helyen, az esztergomi bazilika altemplomában leljen nyugalmat. Visszatért Szent Adalberthez, aki porait és álmait őrzi. A kripta igen egyszerű vörösmárvány záróköve még a helyes halálozási dátumot őrizte. Erdő Péter bíboros gondolt rá, hogy díszesebb márványtábla jelölje a vértanú nyughelyét. A domború vésett címert ifj. Gieber János, tardosi kőfaragó készítette el.
