Már gyermekkorában megélte a kisebbségi sorsot, és tanúja volt a keresztényellenes pogromoknak is. Teológiai tanulmányait Törökországban végezte, majd Rómában, Münchenben és Svájcban tanult. 1961-ben diakónussá, majd 1969-ben pappá szentelték. Tanársegédként vett részt a teológiai oktatásban, és elődje, Demetriosz pátriárka személyi titkára volt. 1973-ban szentelték püspökké, később metropolitaként szolgált, 1991-ben pedig a Szent Szinódus konstantinápolyi pátriárkává választotta.
A háromszázmilliós keleti kereszténység mintegy kétszázezer hívőt számláló egyházának feje. Görögül, törökül, olaszul, németül, franciául és angolul beszél.
Az ökumenizmus szellemében keresi a katolikus–ortodox közeledés útjait. Elődeihez hasonlóan előmozdítója a pánortodox egységnek és a katolikus–ortodox teológiai párbeszédnek.
Athénagorasz pátriárka és VI. Pál pápa szentföldi találkozásának 50. évfordulója alkalmából idén májusban találkozik Ferenc pápával a Szentföldön.
