A kálvinizmust évtizedekkel megelőzve, 1523-ban, a lutheranizmussal szinte egy időben érkeztek Magyarországra az első anabaptista reformátorok. A prédikátorok között többen, így Fischer András és társai is mártíromságot szenvedtek. Fischer munkássága nyomán terjedt el a bemerítő mozgalom az Alföldön Debrecenig, Erdélyben pedig a havasokig.
Többszöri üldöztetésük után 1873. március 6-án érkezett Pestre Meyer Henrik, aki harmadszor szervezte meg a baptista missziót hazánkban. A vallás szabad gyakorlásáról szóló 1895. évi XLIII. törvénycikk alapján 1905-ben a vallás- és közoktatásügyi miniszter a baptistákat elismert vallásfelekezetté nyilvánította.
A történelmi egyházak és a magyar kormány között létrejött megállapodások keretében 1998. december 10-én írták alá a baptista egyház és a kormány szerződését. A baptista egyház egyházi státuszát 2010-ben fogadta el a parlament.
