A püspök küzdelmének az lett az eredménye, hogy a román király akarata érvényesült: az Apostoli Szentszék létrehozta a temesvári püspökséget. De ennek már nem lehetett püspöke Glattfelder: először apostoli kormányzóként, majd 1927-től felszentelt püspökként korábbi irodaigazgatója, Pacha Ágoston vette át az egyházmegye vezetését. A Szerbiába került plébániák „Bánáti Apostoli Kormányzóság” elnevezéssel ideiglenesen a belgrádi érsek joghatósága alá kerültek. Glattfelder püspök március 17-én vette át a bukaresti nunciustól a dekrétumot, amely arról szólt, hogy a magyar rész plébániái maradnak meg a csanádi egyházmegye elnevezéssel. Neki át kellett költöznie Magyarországra, és ki kellett alakítania az új püspöki székhelyet. A püspök 1923. március 25-én, Gyümölcsoltó Boldogasszony ünnepén, hajnali fél 5-kor a püspöki székház kápolnájában pappá szentelte az egyházmegye diakónusait, majd velük megreggelizett, aztán a városi hatóság hintója kivitte a vasútállomásra, ahonnan a Budapestre induló gyorsvonattal elhagyta Romániát. Szegeden szállt le a vonatról, a belvárosi plébániára ment. Akkor már az egész környék a Szent Demeter templommal együtt bontás alatt volt, és épült az új Fogadalmi templom. Továbbment Makóra, az ottani püspöki nyaralóban működött két éven át az egyházmegyei hivatal. 1925 januárjában a főpásztor átköltözött Szegedre, a volt Tanítóképző épületébe, mely új elhelyezést kapott.
Közben épült az 1879-es nagy árvíz emlékére a Fogadalmi templom, ez lett később a székesegyház. Szegedre települt a Kolozsvárról szintén kiutasított egyetem. Új épületekre volt tehát szükség. Gróf Klebelsberg Kuno vallás- és közoktatásügyi miniszter volt az, aki nemcsak megálmodta, hanem meg is valósította a híres Dóm téri épületegyüttest, melyben az egyetemi intézetek mellett helyet kapott a püspökség és a szeminárium is. Mindezeket 1930. október 24. és 26. között szentelték fel, országos ünnepség keretében. Ezt megelőzően Glattfelder püspök júniusban zarándoklatot vezetett Velencébe, Szent Gellért szülőhelyére, ahonnét a pátriárka ajándékaként ereklyét hozott a székesegyház számára. Közben a püspök a hívek lelki építésére is gondolt. Egymás után alapított új plébániákat, épültek új templomok. Húsz év múlva bekövetkezett halálakor már hatvan plébánia működött. A papnevelő intézet és a hittudományi főiskola vezetését a jezsuita rendre bízta, mely Szegedre hozta a Kassáról kiüldözött filozófiai főiskoláját. A papnevelő intézet 1930-ban „egyházmegyeközi" szemináriumként kezdte meg működését. Idejöttek a kassai, rozsnyói, szatmári és a nagyváradi egyházmegyék hazánkban maradt részeinek kispapjai. Ez adta az elhatározást, hogy a jezsuitákkal összefogva megalakítják a szegedi egyetem teológiai fakultását. A tervet az állam is támogatta, de megvalósítását a II. világháború megakadályozta.
Glattfelder püspök évente két lelkipásztori körlevelet adott ki: újévkor és nagyböjtre. Ezek veretes magyar stílusa és megfogalmazása ma is példája lehet minden ilyen írásnak. Nemcsak teológiai, erkölcstani kérdéseket tárgyalt, hanem nagy gondot fordított a gyakorlati kérdésekre: hogy a papok látogassák a családokat, a szülők fogadják el a gyermekáldást, neveljék vallásos szellemben gyermekeiket, a hívek járuljanak gyakran szentáldozáshoz, támogassák a szegényeket. Ugyanakkor nagy hatású beszédeket is mondott a parlament felsőházában. Százhét előadását őrzi kéziratban a szegedi püspökség levéltára, melyeket különböző helyeken és alkalmakkor tartott. Működésére felfigyelt a magyar kormány, ezért jelölte 1927-ben az esztergomi érseki székre. Politikai és diplomáciai megfontolásokból végül is nem őt, hanem a híres egyházjogászt, Serédi Juzstinián bencés szerzetest nevezte ki a pápa. 1942-ben XII. Piusz pápa kinevezte ugyan kalocsai érseknek, de az ekkor már súlyos beteg főpap ezt orvosai tanácsára – a Szentatya bizalmát megköszönve – nem fogadta el. A pápa megértéssel vette tudomásul döntését, és engedélyezte számára az érseki cím használatát. Így lett helyette Grősz József a kalocsai érsek.
Egészségi állapota rohamosan romlott, 1943-ban már a nagyheti szertartásokat sem tudta elvégezni. A budapesti Szieszta Szanatóriumban ápolták, ahol augusztus 30-án visszaadta lelkét Teremtőjének. Temetését Szegeden a székesegyházban Grősz József végezte. Emlékét nemcsak alkotásai, írásai őrzik, hanem a székesegyház Szent Gellért-oltára mellett egy epitáfium. A Tisza-parti város önkormányzata 2000-ben ismerte el szegedi tevékenységét azzal, hogy teret nevezett el róla a Tisza Lajos körút és a József Attila sugárút találkozásánál. Az egyházmegye ugyanakkor még adósa legalább azzal, hogy szobrot emeljen neki a Dóm téren, talán az ott lévő Nemzeti Pantheonban, sőt, a Hittudományi Főiskolát is el lehetne nevezni róla.
