Május 9-én XVI. Benedek pápa felkeresi a Nebo-hegyen épült bazilikát, amelyet a hagyomány szerint Mózes sírja fölé emeltek. Innen Madaba felé folytatja útját, ahol megáldja a latin patriarchátus egyetemének alapkövét. Felkeresi az ammani hasemita múzeumot és az Al-Husszein Bin Talal mecsetet. Ezt követően beszédet intéz a muzulmán vallási vezetőkhöz, a diplomáciai testület tagjaihoz és a jordániai egyetemek rektoraihoz. Szombaton délután XVI. Benedek vesperást vezet az ammani görög melkita rítusú Szent György-székesegyházban, a papok, szerzetesek és egyházi mozgalmak tagjai jelenlétében.
Május 10-én, vasárnap délelőtt szentmisét mutat be az ammani stadionban. Délben a pátriárkákkal és püspökökkel ebédel az ammani latin vikariátus épületében. Felkeresi a Jordán folyó partján azt a helyet, ahol a hagyomány szerint Jézus megkeresztelkedett. Megáldja a latin, illetve görög melkita szertartású templomok alapköveit, és beszédet mond.
Május 11-én délelőtt érkezik meg Tel Aviv Ben Gurion nemzetközi repülőterére. Délután udvariassági látogatást tesz az izraeli államelnöknél a jeruzsálemi elnöki palotában. Felkeresi a Jad Vasem emlékhelyet. Este a vallásközi párbeszéd szervezeteinek képviselőivel találkozik a jeruzsálemi Notre-Dame-központ nagytermében.
Május 12-én felkeresi a jeruzsálemi Sziklamecsetet, majd udvariassági látogatást tesz a nagymuftinál. Utána a jeruzsálemi Nyugati Falhoz (a siratófalhoz) megy, majd udvariassági látogatást tesz a két jeruzsálemi főrabbinál a Hechal Shlomo központban. Délben a pápa rövid látogatást tesz a jeruzsálemi latin szertartású konkatedrálisban, majd a szentföldi püspökökkel, apátokkal ebédel a jeruzsálemi latin patriarchátuson. Délután szentmisét mutat be a jeruzsálemi Joszafát-völgyben.
Május 13-án reggel érkezik meg a pápa Betlehembe. Szentmisét mutat be a Jászol téren. Délben a szentföldi püspökökkel és a ferences közösség tagjaival fogyasztja el az ebédet Betlehem Casa Nova kolostorában. Délután a pápa magánlátogatást tesz a betlehemi Születés-barlangban, majd a Caritas gyermekkórházat keresi fel. Ezt követően a betlehemi AIDA menekülttáborban mond beszédet. Délután 6 órakor a Palesztin Nemzeti Hatóság elnökénél tesz udvariassági látogatást a betlehemi elnöki palotában.
Május 14-én a Szentatya Názáretet keresi fel, ahol szabadtéri szentmisét mutat be. A helyi püspökökkel és a ferences közösség tagjaival ebédel. Délután a názáreti ferences kolostorban találkozik az izraeli miniszterelnökkel, majd köszönti a galileai vallási vezetőket.
Délután az Angyali Üdvözlet-barlangot keresi fel, fél 6-kor pedig vesperást vezet, amelyen részt vesznek a püspökök, papok, szerzetesek, az egyházi mozgalmak képviselői.
Május 15-én a jeruzsálemi görög ortodox patriarchátus székhelyén ökumenikus találkozóra kerül sor. Felkeresi a Szent Sír-bazilikát, majd az apostoli örmény patriarchális egyház Szent Jakab-templomát.
XVI. Benedek pápa ezt követően vesz búcsút Izraeltől Tel Aviv repülőterén.
