Serédi Jusztinián bíboros hercegprímás egész életére jellemző volt ez az aggodalom, hiszen nagy felelőssége tudatában élt tizennyolc évig tartó főpásztori szolgálatában. Életének utolsó hónapjaiban azonban drámai és tragikus események sora tört rá nemzetére, és kezdte ki az ő egészségét is. Az ország 1944. március 19-én bekövetkező német megszállásakor egy német tábornokot szállásoltak be az esztergomi Prímási Palotába. Ennek a személyes megaláztatásnak is számító körülménynek rá gyakorolt hatását jelzi, hogy személyes liturgikus naptárába jegyezte fel, ha a német tiszt valahová távozott, illetve visszajött. Ismerjük küzdelmét, 1944 nyár elején folytatott tárgyalásait gerecsei birtokán Sztójay Döme miniszterelnökkel a zsidók elhurcolásának leállításáról. Nagyrészt itt dőlt el a budapesti gettó megmenekülése. Szeptemberben már nem lehetett püspöki konferenciát tartani a hadi helyzet miatt. Serédi Jusztinián volt (és lehetett) az egyetlen személy, aki 1944. október 27-én, az Országtanács ülésén, Szálasi jelenlétében kifejthette, hogy hatalomátvétele jogilag semmis. Kézzel írta és gondosan javította kristálytiszta érvelésének fogalmazványát. Ezután többé nem hagyta el Esztergomot, nem vett részt a felsőház ülésén. Ekkor már közeledett a front. Szálasit, aki már menekült, saját kérésére fogadta ugyan, de csak azért, hogy most már nem jogi, hanem politikai érveket mondjon neki a zsidóüldözés következményeiről, amire Szálasi bevallotta: „Erre még sohasem gondoltam.” Szót emelt Esztergom és Budapest „nyílt várossá” nyilvánításáért – eredménytelenül. Visszahúzódott a palota egyik földszinti szobájába, és áttekintette a közelmúlt magyar történetét: hogyan is jutottunk ide? Ő, akit korábban csak a „Horthy-dinasztia” megalapításának lehetősége bírt feljegyzésekre, most áttekintette a Horthy Miklós lemondásával előállt helyzetet. Legérdekesebb feljegyzésében visszaemlékezett prímási működése tizennyolc esztendejének hazai történéseire, rámutatva arra, hol tévesztett utat a magyar politika. Ez a számvetés is azt tükrözi, hogy Serédi – akárcsak Angelo Rotta apostoli nuncius – természetesen világosan látta a Horthy-rendszernek nevezett magyar közélet végét, de talán ennél nagyobb tragédiától is tartott. Végrendeletét így módosította: amennyiben halálakor nem lenne Magyarország mint önálló állam, akkor gerecsei birtokát magyar anyanyelvű diákok taníttatására fordítsák. Felrémlett előtte az ország megsemmisülése is. 1944. december 25-én a szovjet támadás hatására a német csapatok Esztergomnál felrobbantották a Prímás-sziget két hídját, majd 26-án reggel a Mária Valéria hidat is, és elhagyták a várost. A szovjet csapatok Dorog felől vonultak be a prímási székhelyre. Amikor azután 1945. január 5-6-án a németek és nyilasok visszafoglalták Esztergomot, Serédi bíborost el akarták hurcolni, azzal a váddal, hogy fogadta a szovjet parancsnokot. A nyilasok a város 14-21 éves férfilakosságát Németországba vitték, Serédi bíboros Szálasihoz írt tiltakozása ellenére. Február 19-ről 20-ra virradó éjjel amerikai és szovjet légitámadás érte a várost, amelynek nyolcvanegy halálos áldozata volt. A palotában mintegy negyven ember talált menedéket. 1945. március 21-én a szovjet csapatok másodszor is elfoglalták a várost. Maszlov őrnagy természetesen tájékoztatást kapott arról, hogy fontos főpapot talál Esztergomban. Weiszlovits István eperjesi fiatalemberrel mint tolmáccsal megjelent a hercegprímásnál, nem akart gyűrűt csókolni neki, hanem „erősen megrázta a kezét”. Két nap múlva a sok megrázkódtatás, a nemzet sorsáért érzett aggodalom, cukorbaja és szívbetegsége megrendítette a hatvanegy éves főpap állapotát. 1945. március 29-én szerény ebédje után kávét kért inasától, aki, mire bevitte a kávét, holtan találta Serédi Jusztiniánt.
