Erdő Péter nyilatkozata szerint ez az esemény egy szenvedésekkel teli, hosszú történet összefoglalása, amely remélhetőleg hozzájárul múltunk igazságának megismeréséhez, népünk lelki gyógyulásához és felemelkedéséhez. Egyértelmű jele annak, hogy hazai igazságszolgáltatásunk szakított a koncepciós perek nehéz örökségével, és komolyan törekszik az igazságosság alapvető emberi követelményeinek érvényesítésére.
Mindszenty József bíborosnak, akit a pápa 1945. augusztus 16-án nevezett ki esztergomi érsekké, a Magyar Katolikus Püspöki Kar vezető személyiségeként kötelessége volt a társadalmi élet erkölcsi vonatkozásainak segítő szándékú figyelése, jóakaratú bírálata. Vezetése alatt a magyar püspöki kar közös körleveleiben szóvá tette, ha a proletárdiktatúra felé haladó államvezetés megsértette a vallás- vagy lelkiismereti szabadságot, az iskolázás, a művelődés szabadságát; következetesen kiállt az alapvető szabadságjogok érvényesítéséért. Megszólalt a felvidéki magyarság deportálása, a délvidéki magyarok tömeges lemészárlása, a német kitelepítés embertelensége miatt, az ítélet nélkül bebörtönzöttek és internáltak érdekében.
1945. október 18-án és 1947. augusztus 25-én, a nemzetgyűlési képviselőválasztások előtt a püspöki kar közös körlevélben hívta fel a hívek figyelmét, hogy olyan pártokra szavazzanak, melyek programja evangéliumi szellemű. 1948. december 26-án a bíborost törvényellenesen letartóztatták. Testileg-lelkileg megkínozták, s hazug vádak alapján 1949. február 8-án első fokon, július 6–9-én másodfokon életfogytiglani fegyházra ítélték, ami a keresztény világban nagy fölháborodást váltott ki. XII. Piusz pápa megdöbbenéssel tiltakozott az igazságtalan és jogtipró ítélet ellen, az ENSZ közgyűlése megbélyegezte a kormány eljárását és nemzetközi sérelemnek nyilvánította a bíboros bebörtönzését.
Hat év budapesti börtön után, megromlott egészségére tekintettel 1955. augusztus 17-től Püspökszentlászlón, november 2-tól Felsőpetényben tartották fogva. A forradalom kitörése után, 1956. október 29-én a kommunista pártközpont utasítására titkos helyre akarták vinni, aminek ellenállt. Október 30-án éjjel magyar katonák szabadították ki fogságából, október 31-én délelőtt érkeztek a budai prímási palotába. Szabadságának négy napja alatt a magyar katolikus egyház jövőjével kapcsolatos teendőkről tárgyalt a püspöki kar tagjaival és egyházmegyéje vezetőivel, Tildy Zoltán államminiszterrel s a külföldi segélyszervek küldötteivel a Magyarországnak nyújtandó anyagi segítségről. Fölkeresték a református és evangélikus egyház vezetői is, de politikai pártok képviselőit nem fogadta. Nagy Imre miniszterelnök kérésére november 3-án este tizenöt perces beszédet mondott a Szabad Magyar Rádióban, kiállt a nemzeti szabadságharc céljai mellett, s felvázolta a polgári demokrácia jövőképét.
November 4-én hajnalban, a szovjet csapatok támadása után az USA nagykövetségén kért és kapott menedéket. Ottani tartózkodását rövidnek vélte, mivel arra számított, hogy az ENSZ a Szovjetuniót hadereje visszavonására készteti, amire az ENSZ-közgyűlés szovjet lerohanást elítélő határozata is reményt nyújtott.
A Kádár-kormányzat a törvénytelenségeket folytonossá tette, s Mindszentyt sem engedte visszatérni érseki székébe. A bíboros több alkalommal döntött az USA követségéről való távozásról, de ezt külső tényezők megakadályozták. Végül, teljesítve VI. Pál pápa kérését, 1971. szeptember 28-án elhagyta a követséget, és Rómába ment. 1971. október 23-ig a Vatikánban, majd 1975. május 6-án bekövetkezett haláláig Bécsben, a Pázmáneum épületében lakott.
1975 és 1991 között magyarok sokasága rótta le tiszteletét Mariazellben található sírjánál. Holttestét 1991. május 4-én ünnepélyesen hazahozták, és az esztergomi bazilika altemplomában újratemették.
