Magyarországon, Romániában, Csehszlovákiában és Jugoszláviában, és azt mutatták be, hogy a kommunista ideológia határozott elítélése mellett milyen válaszokat adtak a helyi egyházak a diktatúra kihívásaira, hogy sikerüljön megőrizni a térség katolikus közösségeit és a szentségek kiszolgáltatásához elengedhetetlen egyházi struktúrákat.
Jan Mikrut, a Pápai Gergely Egyetem professzora bevezető előadásában a szovjet blokk vértanúiról szólva a megalkuvás nélküli szembenállók magatartását mutatta be.
Molnár Antal, a Római Magyar Akadémia igazgatója a jezsuita rend 28. általános gyűlésének vitáit elemezte a kommunizmussal szemben folytatott harcra való felkészülés szempontjából. Rámutatott, hogy a Bangha Béla által előkészített, kommunizmus elleni dekrétum végső soron azért bukott el, mert a baloldali ideológia elleni küzdelem burkoltan a nácizmus elleni harcot is magában foglalta, és az 1938-ban az olaszországi és a német fennhatóság alatt élő egyházak számára túlzottan sok kockázatot jelentett volna.
Hatos Pál, a Balassi Intézet főigazgatója Szekfű Gyula történész álláspontját elemezte a kommunizmusra adandó egyházi válasszal kapcsolatban. Figyelemre méltónak nevezte Szekfűnek a „forradalom utáni” geopolitikai viszonyokra és a magyar katolikus társadalom állapotára vonatkozó reális helyzetelemzését. Egyúttal rámutatott: a Szovjetunióval való együttműködés kezdeményezése morálisan ugyan kompromittálódott, a valóságban azonban ugyanúgy hozzájárult a magyar egyház fennmaradásához, mint amilyen fontos szerepet játszott a Mindszenty nevével fémjelzett hajthatatlan álláspont szimbolikus ereje.
Fejérdy András, a Római Magyar Akadémia tudományos titkára a magyarországi püspöki székek betöltésének, illetve az egyházmegyék kormányzásának 1945 és 1964 közötti gyakorlatát áttekintve azt a következtetést vonta le, hogy a szentszék egészen 1962-ig arra törekedett, hogy maradéktalanul érvényt szerezzen a pápa szabad püspök-kinevezési jogának. Az erre irányuló kísérletek a magyarországi rendszer merev ellenállása miatt rendre kudarccal jártak, így Róma, élve a magyar kormány 1960-as évektől pragmatikusabbá váló politikája által kínált lehetősséggel, végül a tárgyalások felvétele mellett döntött. A megbeszélések eredményeként létrejött 1964-es részleges megállapodás ugyan hátrányos kompromisszumot jelentett az egyház számára, a szentszék mégis aláírta, mert csak így látta biztosíthatónak, hogy Magyarországon mind állami, mind egyházjogi szempontból törvényes hierarchia működjön. A lehetséges alternatíva egy titkos hierarchia kiépítése lett volna, amelyet azonban túl kockázatosnak ítéltek, és csak azokban az államokban kísérleteztek vele, ahol nem volt lehetőség elfogadható kompromisszumra.
Nicolas Bauquet, a római Francia Intézet igazgatója a magyarországi világi hívek és a klérus, illetve az állam közötti viszonyrendszert elemezte, és három fő magatartásformát különböztetett meg. A diktatúra egyfelől újfajta egyházi szerveződések, mindenekelőtt kisközösségek létrejöttét hívta elő, amelyekben a laikusok és papok kapcsolata a népegyházban megszokott korábbi viszonynál közvetlenebbé vált, s a világi hívek elkötelezettebb módon vettek részt az egyház életében. A diktatúra másik fontos következménye a laikusok szerepét illetően az volt, hogy amikor a klérus már nem tudott vagy nem akart fellépni a rendszerrel szemben, gyakran a világi hívek adtak hangot a kritikus álláspontnak. Végül, különösen a hatvanas évektől a részben mesterséges szekularizáció érintette a híveket, melynek következtében mind többen fordítottak hátat az egyháznak.
A konferencia délutáni szekciói során a lublini katolikus egyetem rektora, Stanisław Wilk Wyszyński bíboros magatartását és az általa vezetett hatékony egyházi ellenállást mutatta be, Stefano Bottoni, az MTA Történettudományi Intézetének kutatója pedig Márton Áron gyulafehérvári püspök sajátos életútját vázolva rámutatott, hogy a főpap sikeres ellenállásának részben az volt az oka, hogy az erdélyi katolicizmus egyházi és nemzeti szempontból kisebbségi helyzetben élt. Massimiliano Valente, a Római Európai Egyetem oktatója a szentszék és Tito Jugoszláviája között létrejött megállapodás hátterét, Jozef Hal’ko történész, pozsonyi segédpüspök pedig a csehszlovák békepapi mozgalom tagjainak 1968 utáni működését, az államot kiszolgáló magatartásuk mozgatórugóit és a mozgalomban való részvétel okainak összetettségét elemezte.
A konferencia zárásaként Várszegi Asztrik püspök-főapát és Zombori István, a METEM főszerkesztőjének bevezetése után a Somorjai Ádám bencés szerzetes által legújabban publikált források kapcsán Tóth Tamás, a Pápai Magyar Egyházi Intézet rektora és Hieronym Fokciński jezsuita, az Egyházi Tanulmányok Pápai Lengyel Intézetének rektora, a Szenttéavatási Kongregáció munkatársa szólt a Mindszenty-kutatás jelen állásáról, hangsúlyozva, hogy a magyar bíboros személyének és életszentségének egyértelmű megítéléséhez további források feltárására és kutatómunkára van szükség.
