1521 pünkösdjén a francia tüzérség Navarrában tűz alá vette Pamplona citadelláját, és egy ágyúgolyó súlyosan megsebesítette a baszk nemesembert, Íñigo López de Loyolát, aki a spanyol király szolgálatában állt. Ez az esemény történelmi jelentőségűnek bizonyult, mivel hatására a férfi a spanyol király szolgálatát felcserélte Krisztuséval, és a lovagból Szent Ignác vált.
Hosszú ideig kellett lábadoznia otthon, ahol unalmában kezdte el olvasni Jézus, illetve a szentek életét. A könyvek mély hatást tettek rá, ám még hosszú volt az út, amíg világosan felismerte, mit akar tőle Isten. Amikor félig-meddig már felépült, először egy karthauzi kolostor magányára vágyott. Aztán elzarándokolt a Szűzanya két kegyhelyére, Aranzazuba és Montserratba. Ez utóbbi közelében fekszik Manresa. Ignác maga később így jellemezte ezt az időszakot: „Manresában Isten úgy bánt velem, mint egy tanítómester a gyerekkel.” Ott született meg Lelkigyakorlatok című könyve, amely a mai napig az egyik legmeghatározóbb keresztény útmutató az istenkeresésben.
Rómán és Velencén át a Szentföldre zarándokolt koldusként. Az volt a szándéka, hogy ott marad, és hirdeti az evangéliumot. Ám visszatért, és több mint tíz évet szentelt a tanulásnak Barcelonában, Alcalában, Salamancában és Párizsban.
Világi apostolkodása újszerűsége miatt felkeltette a hivatalos egyházi körök gyanakvását. Vallásosságát és az általa folytatott személyes lelkigondozást újra meg újra megvizsgálta az inkvizíció, mert szembekerült a hagyományos formákkal és nézetekkel. Hosszú kihallgatásoknak vetették alá, és kétszer be is börtönözték. Minden alkalommal felmentették. Az egyházi tekintéllyel való összeütközései nem ingatták meg abban, hogy helyes úton jár, de az Egyházhoz való hűségét sem csorbították.
Párizsban sikerült közösséget kovácsolnia, amelynek Xavéri Ferenc, Faber Péter, Diego Lainez, Simon Rodrigues, Nicolas Bobadilla és Alfonso Salmeron lettek a tagjai. 1534-ben közös fogadalommal pecsételték meg szövetségüket. Elhatározták: teljes szegénységben és szüzességben Istennek fognak szolgálni, segítenek a lelkeknek, és elmennek a Szentföldre; ha azonban egy éven belül nem sikerül eljutniuk oda, vagy ha nem maradhatnak tartósan Palesztinában, akkor Rómában felajánlják szolgálataikat a pápának.
Ignácot és társait 1537-ben pappá szentelték.
Róma felé tartva, az utolsó pihenőhelyen Ignác belépett La Storta félig-meddig düledező kis templomába, és egy látomásban megkapta a jóváhagyást útjára: nem Jeruzsálem a cél, hanem Róma. A városba érve társaival együtt felajánlotta szolgálatait III. Pál pápának, és első szentmiséjét is itt mutatta be 1538 karácsonyán, a Santa Maria maggiore bazilikában, a jászol oltáránál.
1540-ben a pápa jóváhagyta az új rendet. Társai egyhangúlag Ignácot választották meg első generálisuknak.
Az alapító tízévi munkával szilárd szervezeti keretet adott a társaságnak a konstitúcióval. A társaság csakhamar elterjedt egész Európában. Indiában és Távol-Keleten elkezdték a missziós munkát. A jezsuita kollégiumok az egyházi megújulás központjaivá váltak. Ignác, bár folytonosan betegeskedett, fáradhatatlan volt. Amikor meghalt, a társaságnak körülbelül ezer tagja volt.
