A keresztségben a János (Giovanni) nevet kapta; apja híres orvos volt. Kisgyermekkorában súlyos betegségbe esett; édesanyja fogadalmat tett: ha gyermeke meggyógyul, a ferenceseknek adja. A hagyomány szerint Assisi Szent Ferenc a városban járt, ölébe vette a gyermeket, és ezt mondta róla: „Buona ventura” (szép jövő). Közbenjárására a fiúcska meggyógyult.
1236 táján a párizsi egyetemre ment, filozófiai tanulmányait 1242 körül fejezte be. Huszonöt évesen lépett be a ferences rendbe, ahol a Bonaventura nevet kapta. 1243–1248 között végezte a teológiát a rend híres párizsi főiskoláján. Ezután tanítani kezdett, 1253-ban nyerte el a doktori fokozatot. Négy évig a rendi főiskola tanára volt. 1257-ben a káptalan megválasztotta a közösség általános főnökének. Tizenhat éven át viselte ezt a tisztséget, egy nehéz időszakban. A második ferences nemzedékben ugyanis nagyon élesen vetődött fel a kérdés: szó szerint kell-e venni Szent Ferenc reguláját, és megvalósítható-e a szegény, apostoli életforma? A renden belül és kívül sokan voltak, akik azt mondták: akiben nincs meg Szent Ferenc karizmatikus lelkülete, az nem élhet úgy, mint a rendalapító, tehát a bencés vagy ágostonos kolostorok mintájára át kell szervezni a rendet. Mások ellenben eretnekségig menő szélsőséggel hirdették, hogy az igazi Egyház az eredeti Szent Ferenc-i életformában él, és aki azt föladja, a kereszténységet árulja el.
Bonaventurának sikerült úrrá lennie a széthúzó erőkön, egységben tudta tartani az akkoriban mintegy harmincezer főt számláló rendet. Rendfőnöki székhelye Párizsban volt, de sokat utazott. Bejárta Itáliát, Galliát, ellátogatott Britanniába, Flandriába, a német birodalomba és Hispániába is. 1267 és 1268 nagyböjtjében tanított a párizsi egyetemen. 1273-ban tartotta híres előadásait a teremtéstörténetről.
1265-ben a pápa fölkínálta neki a yorki püspökséget, de ő nem fogadta el, mert a II. lyoni zsinat előkészítésén dolgozott. 1273-ban a pápa kinevezte bíborossá, és a Róma közelében lévő Albano püspökévé. A zsinat üléseit 1274-ben tartották. Közben a rendi káptalan fölmentette Bonaventurát a rendfőnökség alól. A zsinaton két híres beszédet mondott, és fáradozásai gyümölcseként megszületett az unió a görögökkel.
Tudás és hit nem zárja ki, hanem feltételezi egymást. Bonaventura szerint veszélyes elszakítani a filozófiai gondolkodást a hitigazságoktól és a teológiától, mert nem értelmünk, hanem hitünk ad választ lelkünk legmélyebb kérdéseire. A Biblia Bonaventura számára Isten megismerésének kimeríthetetlen forrása. A tiszta víz folyamának nevezi, amely átszeli a történelmet.
Bonaventura nem szánt sok időt teológiai gondolatainak rendszerezésére és írásba foglalására. Ereje nagy részét lekötötték az egyházi teendők és a rend nagy felelősséggel járó vezetése. Ennek ellenére kilenc nagy kötetet tesznek ki művei.
A görögökkel létrejött megegyezés másnapján megbetegedett, és egy héttel később, vasárnap hajnalban meghalt. Temetésén a pápa az egész zsinattal együtt jelen volt.
.
