1948. december 26-án tartóztatták le, és 1949. február 8-án koncepciós perben ítélték életfogytiglani fegyházbüntetésre. 1956. október 30-án a forradalom alatt szabadult Felsőpetényből. 1956. november 4-én az Egyesült Államok budapesti követségén kért és kapott menedéket. Hosszú tárgyalásokat követően 1971. szeptember 28-án hagyta el a követség épületét, ahonnan Rómába utazott, majd rövid római tartózkodás után 1971. október 23-án Bécsben telepedett le. Innen lelkipásztori utakat tett, hogy felkeresse a hazájuktól távol élő magyarok közösségeit. 1974. február 5- én VI. Pál pápa megüresedettnek nyilvánította az esztergomi érseki széket. Ugyanennek az évnek októberében a frankfurti könyvvásáron jelentek meg visszaemlékezései Emlékirataim címmel. 1975. május 6-án Bécsben hunyt el. Május 15-én temették el az ausztriai Mariazellben, ahonnan 1991-ben hozták haza földi maradványait, végakaratának megfelelően az esztergomi bazilika érseki sírboltjába, ahol temetése május 4-én volt. Külföldi magyarok kezdeményezték boldoggá avatását 1986-ban, Rómában. A halál helye szerint illetékes bécsi egyházmegyétől az ügyet átvette az esztergomi főegyházmegye, ahol hivatalosan a Mindszenty Alapítvány kezdeményezésére. 1994. március 19-én indult el az egyházmegyei eljárás, amelynek lezárulása után 1996. október 17-én kerültek az iratok a Szenttéavatási Kongregációhoz. A kongregáció először 1998-ban, de még az elmúlt évben is kért kiegészítést, mert az iratok hiányosak voltak. Az ügy római posztulátora Andrea Ambrosi, egy a boldoggá- és szenttéavatási ügyekben járatos olasz ügyvédet neveztek ki többévi késlekedéssel 1999-ben. A kongregáció ugyanebben az évben relátort is kinevezett az ügyhöz Somorjai Ádám bencés személyében. A felek között az együttműködés sajnos nem volt megfelelő. A Magyar Püspöki Konferencia 2005 decemberében lépett pertársaságra (coactor) a Mindszenty Alapítvánnyal az ügy meggyorsítása érdekében. 2007-ben a kongregáció P. Vincenzo Criscuolo olasz kapucinust nevezte ki relátornak. Időközben sok, eddig ismeretlen dokumentum látott napvilágot, elsősorban a volt relátor munkája nyomán. Esztergomban 1992-től minden évben nemzeti zarándoklatot tartanak a bíboros halálának évfordulójához kapcsolódóan. 1999-től Rómában is évről évre megemlékezésekre kerül sor, a szentmisét mindig egy-egy bíboros mutatja be. Hosszú lenne felsorolni azokat az emléktáblákat, szobrokat, amelyeket az elmúlt tizenhat évben állítottak országszerte a bíboros emlékére. Tisztelete messze túlszárnyalja minden más leendő, illetve a közelmúltban avatott magyar boldogét. Az ő boldoggá avatása azonban késik, még a positio, a részletes életrajz sem készült el. Üzenete: hűség Istenhez, egyházhoz és a hazához, vállalva az üldöztetést is. Imádkozzunk boldoggá avatásáért!
(Az Új Üzenet – az olaszországi magyar katolikus misszió értesítője – nyomán.)