Művészettörténeti és szakrális szempontból még egy nevezetessége van: a kincstára. A bazilika „elődje” az a kis ideiglenes templom volt, amelyet a XVIII. században kialakult új városrész, a Lipótváros egyik gazdag polgára, Zitterbarth János építtetett. 1817-ben mintegy ezer hívővel megalakult a lipótvárosi plébánia, s ezzel felmerült az igény arra, hogy Lipótvárosnak saját, komoly plébániatemploma legyen. Ekkor megindult a gyűjtés, és több terv is készült a jövőbeni templomról. 1845-ben végül Hild József kapott megbízást a tervek elkészítésére. A Hild elképzelései szerinti klasszicista stílusú istenháza építését 1851-ben kezdték el. Az építész 1867-ben bekövetkezett haláláig vezette a munkálatokat, s csak ezt követően derült ki, hogy az építőanyag minőségében és a kivitelezésben is voltak hibák: 1868 január 22- én a már felfalazott kupola – a féloldalas terhelés és a pillérek egyenlőtlen süllyedése miatt – beomlott. A törmelék eltakarítása és a rosszul felhúzott épületrészek visszabontása 1871-ig tartott.
Az építési tervek átdolgozására és a munkálatok vezetésére Ybl Miklóst kérték fel, aki neoreneszánsz stílusban dolgozta át a terveket, és 1891-ben bekövetkezett haláláig ellátta a művezetői feladatokat. A díszítőmunkálatok és az épületbelső végleges kialakítása 1905-re készült el Kauser József vezetésével. Az elkészült templom felszentelésére I. Ferenc József jelenlétében került sor 1906. december 8-án. Noha az eredeti szándék szerint az új templom Ausztria védőszentjének, Szent Lipótnak a nevét viselte volna, még elkészülte előtt, a millenniumi ünnepségek kapcsán, 1897-ben az érseki főhatóság Szent István király védelmébe helyezte, s ezen a néven is szentelték fel. A Szent István-bazilika Budapest második, Magyarország harmadik legmagasabb épülete, és mintegy nyolcezer személyt képes befogadni. Rendkívül gazdag képzőművészeti alkotásokban. A szobrokat, mozaikokat, üvegablakokat, festményeket a kor legtehetségesebb és legnevesebb művészei készítették, többek között: Senyei Károly, Székely Bertalan, Than Mór, Lotz Károly, Benczúr Gyula, Stróbl Alajos, Róth Miksa. A templom orgonája pedig a korban elismert, pécsi Angster József gyárának terméke.
Szent István király halála után trónviszályos, zűrzavaros idők következtek. Ekkor a fehérvári káptalan, féltve a bebalzsamozott és mumifikálódott holttestet a megszentségtelenítéstől, kiemelte a bazilika közepén álló márványszarkofágból. Ekkor történt, hogy az épségben megmaradt jobb kezet leválasztották a testtől, mivel csodás erőt tulajdonítottak neki, és a bazilika kincstárába vitték. A kincstár őre később eltulajdonította a szent ereklyét és bihari birtokán rejtette el. Mikor Szent László hírt hallott az ereklyéről, felkereste az őrt birtokán. Megbocsátott a „tolvajnak”, és a Szent Jobb megtalálásának helyén, első királyunk tiszteletére, a szent ereklye méltó elhelyezésére, Szent Jobb apátságot alapított. Így vette kezdetét a Szent Jobb nyilvános tisztelete és ünnepe.
A XV. században kezdődött a Szent Jobb vándorútja, mikor is először Székesfehérvárra vitték, majd a török uralom alatt Boszniába, később (1590 körül) Raguzába, a mai Dubrovnikba került, az ottani domonkosokhoz. Mária Terézia hosszas tárgyalások után az ereklyét 1771-ben Bécsbe vitette, majd nagy pompával Budára szállították. Itt az angolkisasszonyok őrizték. Az 1900-as évek elején a budavári palota Zsigmond- kápolnájába került, ahol 1944-ig volt látható. A Szent Jobb történetének kiemelkedő eseménye volt az 1938-as esztendő. Szent István halálának 900. évfordulóján az ereklyét körbevitték az országban. A II. világháború alatt a Szent Jobbot a koronázási ékszerekkel együtt elhurcolták, és egy salzburgi barlang mélyén rejtették el. Itt talált rá az amerikai hadsereg, s megőrzésre a salzburgi érseknek adták át. Az Amerikai Katonai Misszió három tagja hozta vissza Magyarországra, az 1945. augusztus 20-i körmenetre. Az ünnepség végén a Szent Jobbot visszavitték az angolkisasszonyok zárdájába, és ott őrizték 1950-ig, a rend feloszlatásáig. Ezután a Szent István-bazilika plébániájának páncélszekrényében rejtették el, mert ezekben az években már nem volt szabad nyilvános körmenetben tisztelni. Így volt ez 1987. augusztus 20-ig, amikor a Szent István-bazilikában Paskai László bíboros, esztergomi érsek fölszentelte a Szent Jobb-kápolnát. Itt helyezték el nagy királyunk ereklyéjét, mely azóta is látogatható. Szent István király halálának 950. évfordulóján, 1988-ban ismét sor kerülhetett a Szent Jobb országjárására. Az érseki és a püspöki székvárosokban, valamint Pannonhalmán tízezrek fogadták.
A Szent István-bazilika monumentális méreteihez képest szerénynek tűnő kincstár rangos helyet foglal el hazánk hasonló egyházi gyűjteményei között. A kincstár alapjait az a kezdetben 800-1000 fős egyházközség vetette meg, amelynek első templomát a régi, belvárosi városmagot határoló faltól északra jelölték ki. Ennek az új plébániának a birtokába került két, még a XVIII. századból való ereklyetartó. Az egyik: sugárdíszes, kereszt formájú Loyolai Szent Ignác, Szent Donát, Szent Regina és a templom védőszentjének, Szent Lipótnak az ereklyéjével. A másik egy kisméretű rokokó ereklyetartó, a Monarchia kedvelt vértanújának, Nepomuki Szent Jánosnak az ereklyéjével.
A templom felszentelésére ajándékozta Franz Xavér Grosinger azt az ezüst boros- és vizeskancsópárt, amelynek kivitelezője a pesti Krieck János volt. Ugyanerre az alkalomra ajánlotta fel a bazilika elődjének, a „Lipót-egyháznak" Anton Martinelli azt a cizellált ezüstkelyhet, melyet a neves pesti ötvöscsalád kiemelkedő tagja, Giergl Alajos készített. A reformkori Pest egyik szívesen foglalkoztatott mestere Müller József volt, aki 1830-ban keresztelési olajtartó tégelypárt, 1837-ben fedeles szenteltvíztartót és egy barázdált, hólyagos testű tömjénőrzőt készített a lipótvárosi plébániatemplom számára. A jelenlegi bazilika építésének korai korszakában, 1869 karácsonyán ajándékozta Anton Hampel templomgondnok azt a csipkeszerűen áttört bronz úrmutatót, amelynek oromzati baldachinja alatt az akkori templom titulusszentjének, Szent Lipótnak a szobra áll. A kincstár legbecsesebb műtárgyát, Lollok Lénárd plébános tervei alapján a trieri Brems-Varain szentszéki ötvösműhely kivitelezte, és Vaszary Kolos hercegprímás ajándékozta a bazilikának a honfoglalás százéves jubileumára 1896-ban. Ennek napsugaras ostyatartóját briliánsok díszítik, két oldalán egy-egy angyal áll. Az ostyaház felett Krisztus trónol, az oromdísz szobra pedig a gyermeket tartó Istenanyát ábrázolja. A bazilika felszentelésére Szobi Luczenbacher Pál és felesége ajándékozhatta azt az ékköves, talpas feszületet, amely ugyancsak a trieri műhelyben készült 1897-ben. A kincstár újabb szerzeményei közül kiemelkedő jelentőségű az a nagyméretű ezüst úrmutató, amelynek tárcsás előlapját tíz európai szent félalakos medalionja ékesíti. Talpán a négy evangélista, talpszárának oszlopfejezetén pedig az egyház jelképes szoborfigurája látható. Az értékes francia ötvösmunkát VI. Pál pápa ajándékozta hazánknak 1972-ben. Külön tárlóban őrzik a budai királyi várkápolna egykori felszereléséhez tartozó tárgyakat, amelyek szerencsésen vészelték át a vár 1944-45. évi ostromát. A Bécsben, 1880 körül készült ezüst pásztorboton szoborcsoport látható: Szent István király felajánlja koronáját a Magyarok Nagyasszonyának, Szűz Máriának. A kincstárban jelenleg május 31-ig még megtekinthető egy időszaki kiállítás is Mindszenty József liturgikus és használati tárgyaiból.
