XVI. Benedek pápa beszélt erről június 28-án, a jubileumi év lezárása alkalmából. A régészek átfúrva a követ, szondát vezettek be a szarkofág belsejébe, és abban csontmaradványokat, textilszálakat találtak. A radiokarbonos vizsgálat (C-14) kimutatta, hogy a koporsóban eltemetett ember a Krisztus utáni I. vagy II. században élt. A szarkofágot évszázadokon át nem nyitották fel. Most, a jubileumi év folyamán kicsiny nyílást fúrtak rajta, és azon keresztül egy speciális szondát bocsátottak be. A kőkoporsóban arannyal átszőtt bíborszínű lenszövet és azúrkék vászon nyomait fedezték fel, továbbá vörös tömjént, szerves és mészkőtartalmú anyagokat azonosítottak.
Az korábban is köztudott volt, hogy tudományos munka folyik a sírkamra körül, de az utolsó percig titokban tartották az eredményt. Annyit mondtak csak, hogy a szarkofág pontos helyét és szabaddá tételét célozzák a munkálatok. Sikerrel elhárítottak minden zavaró, tolakodó érdeklődést.
Azt, hogy Szent Pál sírja a Rómából Ostia felé kivezető, délnyugati út mentén található, a történészek biztosabb ténynek tartották, mint Szent Péter sírjának helyét. Tudjuk, hogy mindkét apostol Rómában szenvedett vértanúságot. Pált, aki római polgár volt, és a császárhoz fellebbezett, 60-ban hozták Palesztinából Rómába. Itt egy darabig házi őrizetben tartották, míg perének tárgyalására várt. A per lefolyásáról és az ítéletről nem szól az Apostolok cselekedetei szentírási könyv. Szent Pál (és Szent Péter) vértanúságáról a legkorábbi írásbeli említés Római Szent Kelemen 90-ben kelt első levelében található. Római hagyomány szerint Szent Pál sírja fölé épült a Falakon kívüli Szent Pál-bazilika. Itt a főoltár alatt található a szarkofág, fölötte egy kőlap, rajta a bevésett felirat: „Paulo Apostolo Mart”, azaz a vértanú Pál apostolnak. Arra a kérdésre, miért temették az ostiai út mellé, nincs megnyugtató válasz, de feltételezhető, hogy a közelben volt vértanúságának helye. Nagy Konstantin császár építtette ide az első Szent Pál-templomot, nyilván a sír fölé. A IV. század végén aztán hatalmas bazilika épült a helyére, mely 1822-ben leégett. Ekkor épült a mai bazilika.
